El análisis de los microbiomas nos ha enseñado que los organismos no están solos en su ambiente, no se encuentran aislados. Las interacciones microbio-microbio comienzan a estudiarse a nivel de comunidades y en este artículo estudian que implicaciones tienen los microorganismos que interactuan con una gran cantidad de integrantes de una comunidad, que aquí definen…
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En este trabajo obtuvieron el microbioma de dos especies de cactus, Myrtillocactus geometrizans y Opuntia robusta. Realizaron un perfil filogenético de bacterias, arqueas y hongos de 6 compartimentos de la planta: el suelo distal y proximal a la raíz, la rizósfera y filósfera (epísfera), así como el interior de los tejidos de la raíz y…
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En este trabajo se comparan las comunidades bacterianas de variedades de papa con diferente contenido de almidón, durante tres estados del desarrollo (plantas jóvenes, floración y senescencia) por medio de secuenciación del gen 16S rRNA. Encuentran que en las plantas jóvenes se encuentran las comunidades mas divergentes de forma cultivar-especifica, y que a lo largo…
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En este artículo se empleó metatranscriptómica para identificar los genes involucrados en las reacciones de hidrólisis de polifosfato intracelular (Ppk) y la síntesis de polifosfato (Ppx), en sedimentos marinos con presencia y ausencia de oxígeno (sistema de transporte Pit). A partir de las secuencias de 16S rRNA se observó la composición de la comunidad microbiana…
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Este trabajo reporta bacterias endófitas aisladas de una planta hiperacumuladora de Cd que presentan actividades promotoras de crecimiento vegetal y son resistentes a metales pesados. Encontraron que 4 cepas aisladas son capaces de colonizar, realizaron ensayos para evaluar el crecimiento y la acumulación de metales en tejidos vegetal de plantas germinadas de semillas inoculadas con…
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Este algoritmo, llamado SeMeta, agrupa las lecturas metagenómicas por empalme y por cada grupo, asigna una serie de lecturas de referencia, las cuales serán las únicas utilizadas como secuencias problema para llevar a cabo la búsqueda de homólogos en bases de datos. Los hits de cada búsqueda son filtrados por bit-score y por sus frecuencias…
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Aagaard et al., realizaron un estudio clínico donde se observó que la comunidad microbiana en mujeres embarazadas varía de acuerdo al periodo gestacional y la proximidad al cervix y presenta menor diversidad y riqueza que en mujeres no embarazadas. Se compararon diversos métodos de alfa diversidad (Chao 1, Shannon y Renyi), beta diversidad (análisis no…
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En este trabajo se colectan las exudados de raíces de plantas de Arabidopsis thaliana (Col-0), estos exudados se fraccionan y se caracterizan algunos de sus componentes, para probar el efecto de los rizodepósitos en las comunidades bacterianas de un suelo. Determinaron que los compuestos fenólicos son los que tienen una mayor influencia en las comunidades…
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El artículo es el siguiente: Rime T, Hartmann M, Frey B. Potential sources of microbial colonizers in an initial soil ecosystem after retreat of an alpine glacier. ISME J. Nature Publishing Group; 2016; 1–17. doi:10.1038/ismej.2015.238 Se aborda con amplicones tanto para bacteria, archaea y hongos la dinámica de colonización de un ambiente natural. Nos sirve…
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En este estudio se comparó la diversidad y el potencial genético de las comunidades microbianas por medio de metagenómica en seis secciones de un jal minero producido por la extracción de Pb y Zn. Estas secciones se encontraban en distintas etapas de la formación de drenaje ácido de minas. Las zonas con poca acidificación mostraron…
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Lean el siguiente artículo y a tener al día las bitácoras! PLOS Computational Biology: Ten Simple Rules for a Computational Biologist’s Laboratory Notebook http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1004385
En este trabajo realizaron un análisis espacial de la estructura de las comunidades de microorganismos de suelos contaminados metales pesados (Pb, Zn y Cd) al obtener el metatranscriptoma de zonas con contamiación baja, media y alta. Encontraron que los factores fisicoquímicos que determinaban la estructura de las comunidades microbianas fueron la concentración de metales, el…
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Este trabajo estudia la relación existente entre razgos fenotípicos contrastantes (diferencias en talla, biomasa y plantas que murieron) en plantas del género Salix spp. crecidas en suelos contaminados con petróleo y el microbioma de rizósfera, planteando un panorama de heredabilidad de estos razgos por medio de la inoculación de microbioma a una segunda generación de…
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Este artículo estudia las interacciones que se dan en la rizósfera del pepino, entre el agente de biocontrol Bacillus subtilis B068150 contra el patógeno Fusarium oxysporum cucumerinum. Además, analizaron el impacto que tiene dicho agente de biocontrol en la comunidad bacteriana de la riszósfera en tres suelos con diferentes características fisicoquímicas. Este análisis se realizó…
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