Nota del trabajo de nuestros colaboradores Pseudomonas aeruginosa, bacteria presente en el ambiente | gaceta Digital UNAMPseudomonas aeruginosa es una bacteria presente en el ambiente, patógena para el humano y otros mamíferos. Estamos expuestos a ella pero no todos enfermamos por su motivo; esto depende de cómo se encuentra nuestro sistema inmunológico. Sólo si tenemos…
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Estimados, si quieren estudiar para el examen pueden descargar el siguiente PDF con todo lo que hemos visto en esta sección, solamente estará disponible por esta semana (aprovechen): Loading…
Predicción de genes codificantes Ejercicio 1. Lee el artículo de Glimmer: https://ccb.jhu.edu/papers/glimmer2.pdf 2. Entra al directorio /usr/share/glimmer3/scripts g3-from-scratch.csh get-motif-counts.awk not-acgt.awk g3-from-training.csh glim-diff.awk upstream-coords.awk g3-iterated.csh match-list-col.awk Describe que es lo que está haciendo cada uno de los scripts *.csh en el directorio. 3. Busca, que es un modelo interpolado de Markov 4. Selecciona un archivo fna…
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Por esta ocasión la tarea se entrega a mano el día de la clase el 20 de octubre, se responde por equipos. Resuelve el siguiente ejercicio, en la imagen de clase había un error que dos de sus compañeros me hicieron ver en el carril #4. Ya está corregido El siguiente es el esquema del…
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Alineamientos múltiples de secuencias. 1. Descarga el siguiente archivo: http://pfam.xfam.org/family/PF04069/alignment/seed/format?format=fasta&alnType=seed&order=a&case=u&gaps=none&download=0 Son algunas secuencias de transportadores ABC (OpuAC) 2. Intenta alinear las secuencias con clustalw, clustalx, muscle y mafft 3. Visualiza el resultado en seaview, jalview y clustalx (guarda las pantallas) 4. Con Seaview guarda el alineamiento en todos los formatos posibles (Mase, Phylip, Clustal, MSF,…
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Alineamientos múltiples Primero, quiero un control de lectura de http://132.247.90.91/bioinfo/1994_Thompson_Clustal.pdf De las familias de proteínas que encontraste en el ejercicio anterior (cd-hit o blast). 1. Identifica una familia de entre 40-50 copias en el proteoma de una especie. 2. Genera un archivo multifasta con las secuencias de proteínas de esa especie, prueba con el comando…
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http://132.247.90.91/bioinfo/paralogs.txt Vamos a usar CD-HIT hoy Descarguen la versión de cd-hit de github: https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/download/V4.6.4/cd-hit-v4.6.4-2015-0603.tar.gz #hagan esto en el directorio donde tienen sus secuencias. wget https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/download/V4.6.4/cd-hit-v4.6.4-2015-0603.tar.gz tar xvfz cd-hit-v4.6.4-2015-0603.tar.gz perl cd-hit-v4.6.4-2015-0603/psi-cd-hit/psi-cd-hit.pl -i vitis.faa -o vitis.clstr -c 0.3 El manual de CD-HIT puede ser consultado en: http://weizhongli-lab.org/cd-hit/wiki/doku.php?id=cd-hit_user_guide Y el artículo en: Weizhong Li & Adam Godzik.…
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Revisar el siguiente artículo: Pushker, R., Mira, A., & Rodriguez-Valera, F. (2004). Comparative genomics of gene-family size in closely related bacteria. Genome Biol, 5(4), 0. Lo pueden descargar de la siguiente dirección: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC395786/pdf/gb-2004-5-4-r27.pdf Tratar de hacer la gráfica #1 del artículo usando 3 genomas/proteomas de Agrobacterium que hemos estado usando en el curso. Trata de…
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Pueden accesar aquí a las fórmulas: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1zEof8gFHER7NN0gxNJV7HHTuGht734xhmmai8B5jM_8/edit?usp=sharing *Gracias a su compañera Mirelle Flores
Vamos a determinar los ortólogos presentes entre dos especies de Agrobacterium Es una actividad por equipos (2 o 3 personas máximo). De las lecturas de BLAST y de revisar el artículo siguiente: Moreno-Hagelsieb, G., & Latimer, K. (2008). Choosing BLAST options for better detection of orthologs as reciprocal best hits. Bioinformatics (Oxford, England), 24(3), 319–24.…
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Sobre bitácoras de laboratorio Ten Simple Rules for a Computational Biologist’s Laboratory Notebook
Tienes que ver el siguiente video:
Tienen hasta el lunes 7 de septiembre (11:59 p.m.) para poder entregar la tarea.
