Bioinformática 20 octubre 2015
Predicción de genes codificantes Ejercicio 1. Lee el artículo de Glimmer: https://ccb.jhu.edu/papers/glimmer2.pdf 2. Entra al directorio /usr/share/glimmer3/scripts g3-from-scratch.csh get-motif-counts.awk not-acgt.awk g3-from-training.csh glim-diff.awk upstream-coords.awk g3-iterated.csh match-list-col.awk Describe que es lo que está haciendo cada uno de los scripts *.csh en el directorio. 3. Busca, que es un modelo interpolado de Markov 4. Selecciona un archivo fna…
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Biotecnología tarea 5
Por esta ocasión la tarea se entrega a mano el día de la clase el 20 de octubre, se responde por equipos. Resuelve el siguiente ejercicio, en la imagen de clase había un error que dos de sus compañeros me hicieron ver en el carril #4. Ya está corregido El siguiente es el esquema del…
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Bioinformática 13 de octubre
Alineamientos múltiples de secuencias. 1. Descarga el siguiente archivo: http://pfam.xfam.org/family/PF04069/alignment/seed/format?format=fasta&alnType=seed&order=a&case=u&gaps=none&download=0 Son algunas secuencias de transportadores ABC (OpuAC) 2. Intenta alinear las secuencias con clustalw, clustalx, muscle y mafft 3. Visualiza el resultado en seaview, jalview y clustalx (guarda las pantallas) 4. Con Seaview guarda el alineamiento en todos los formatos posibles (Mase, Phylip, Clustal, MSF,…
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Bioinformática 7
Alineamientos múltiples Primero, quiero un control de lectura de http://132.247.90.91/bioinfo/1994_Thompson_Clustal.pdf De las familias de proteínas que encontraste en el ejercicio anterior (cd-hit o blast). 1. Identifica una familia de entre 40-50 copias en el proteoma de una especie. 2. Genera un archivo multifasta con las secuencias de proteínas de esa especie, prueba con el comando…
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Bioinformática 6 oct 15
http://132.247.90.91/bioinfo/paralogs.txt Vamos a usar CD-HIT hoy Descarguen la versión de cd-hit de github: https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/download/V4.6.4/cd-hit-v4.6.4-2015-0603.tar.gz #hagan esto en el directorio donde tienen sus secuencias. wget https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/download/V4.6.4/cd-hit-v4.6.4-2015-0603.tar.gz tar xvfz cd-hit-v4.6.4-2015-0603.tar.gz perl cd-hit-v4.6.4-2015-0603/psi-cd-hit/psi-cd-hit.pl -i vitis.faa -o vitis.clstr -c 0.3 El manual de CD-HIT puede ser consultado en: http://weizhongli-lab.org/cd-hit/wiki/doku.php?id=cd-hit_user_guide Y el artículo en: Weizhong Li & Adam Godzik.…
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Biotecnología, Tarea 4
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Bioinformática tarea 5
Revisar el siguiente artículo: Pushker, R., Mira, A., & Rodriguez-Valera, F. (2004). Comparative genomics of gene-family size in closely related bacteria. Genome Biol, 5(4), 0. Lo pueden descargar de la siguiente dirección: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC395786/pdf/gb-2004-5-4-r27.pdf Tratar de hacer la gráfica #1 del artículo usando 3 genomas/proteomas de Agrobacterium que hemos estado usando en el curso. Trata de…
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Bioinformática: Matriz para solucionar scores en needleman
Pueden accesar aquí a las fórmulas: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1zEof8gFHER7NN0gxNJV7HHTuGht734xhmmai8B5jM_8/edit?usp=sharing *Gracias a su compañera Mirelle Flores
Bioinformática: Práctica de BLAST
Vamos a determinar los ortólogos presentes entre dos especies de Agrobacterium Es una actividad por equipos (2 o 3 personas máximo). De las lecturas de BLAST y de revisar el artículo siguiente: Moreno-Hagelsieb, G., & Latimer, K. (2008). Choosing BLAST options for better detection of orthologs as reciprocal best hits. Bioinformatics (Oxford, England), 24(3), 319–24.…
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Sobre bitácoras de laboratorio
Sobre bitácoras de laboratorio Ten Simple Rules for a Computational Biologist’s Laboratory Notebook
Biotecnología: Tarea 3
Tienes que ver el siguiente video:
Tarea 2 Biotecnología
Tienen hasta el lunes 7 de septiembre (11:59 p.m.) para poder entregar la tarea.
Bioinformática (posgrado)1 de Septiembre
Llena el formulario de abajo con los comandos que utilizaste y las respuestas a lo que se pide: *Lecturas para la siguiente sesión: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10195279 *Lectura del BLAST https://www.dropbox.com/s/y5imiep2ksfyks4/Problem%20solving%20handbook%20in%20computational%20biology%20and%20bioinformatics.BLAST.pdf?dl=0 *Puedes consultar los manuales y las aplicaciones disponibles en: http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/index.html Utiliza wossname y encuentra programas que te permitan evaluar y manipular secuencias. Busca un programa dentro…
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need to fight back in other ways…
need to fight back in other ways… The Golden Age of Antibiotics is OverWe’ve all heard about antibiotic resistant bacteria. It’s time to admit, we’re losing this war. Drug resistant superbugs like MRSA (Methicillin-resistant Straphylococcus aureus), CRE (Carbapenum-re…
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