Biotecnología reposiciones
Para hacer las reposiciones es necesario llevar una identificación oficial. Loading…
Bioinformática, evaluación curso
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Bioinformática 17 de noviembre
Ejercicios de RNAseq. Vamos a utilizar R y Bioconductor. El ejercicio de hoy consiste en tratar de llevar a cabo el análisis de RNAseq descrito a continuación: http://www.bioconductor.org/help/workflows/rnaseqGene/ Traten de trabajar con los ejemplos incluidos en los paquetes. Si descargan los fastq y hacen los alineamientos desde cero pueden tardar mucho tiempo. Tengan cuidado de…
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Biotecnología: Presentaciones finales 2015
La próxima semana (martes 17 de noviembre) tendremos un seminario, por equipo tienen que revisar los artículos que pueden descargar del siguiente vínculo: https://drive.google.com/file/d/0B7dtIr9rg974TS1ielVvbEczX1U/view?usp=sharing La distribución de los artículos es la siguiente: Equipo 1 (García Romero, Rivera, Aguilera, Olvera) – The american Chetnut’s Genetic rebirth Equipo 2 (Raymundo Alonso, Luis, Janet, José…
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Bioinformática ensamble
Lee el siguiente primer: http://www.cbcb.umd.edu/research/assembly_primer Explica: ¿Qué es la cobertura de secuenciación? ¿Qué utilidad tiene la ecuación Lander-Waterman? ¿Porqué se originan errores de ensamblado en regiones repetitivas? ¿Qué es un contig? ¿Qué es un scaffold? ¿Qué diferencia hay entre un ensamblador de tipo Greedy y un Overlap-layout-consensus? ¿Qué es un camino Hamiltoniano? ¿Qué es un…
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Bioinformática 3 de noviembre
Vamos a practicar los conceptos de filogenia. Los datos a utilizar los pueden descargar de la siguiente dirección: http://132.247.90.91/bioinfo/filogenia/ Después de descargarlos podemos comenzar con un clásico de los análisis filogenéticos: Phylip. Pueden revisar este manual que hizo nuestro amigo el Dr. Pablo Vinuesa: http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa/Cursos2RMBF/PDFs/C1/Tutorial_Pablo_Vinuesa_uso_paqute_Phylip.pdf Hagan los pasos hasta conseguir un arbol de NJ…
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Bioinformática práctica 27 octubre
Anotación. El objetivo de la práctica del día de hoy será generar la anotación de las predicciones de genes de los ejercicios anteriores (Glimmer), si no puedes usar el archivo ffn concatenado de cromosoma + plásmidos, con la base de datos del COG (Cluster of Orthologous Groups). Además de usar lo ya aprendido con cd-hit,…
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Bioinformática, filogenias
Mis estimados: Para la siguiente sesión hay que leer el capítulo «Reconstrucción de la historia de cambio de los caracteres». En este capítulo, el Dr. León Martínez Castilla logra recapitular varios conceptos que hemos estado revisando en clase. El libro completo lo pueden descargar del sitio del inecc o conseguir una edición impresa:…
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Nota del trabajo de nuestros colaboradores
Nota del trabajo de nuestros colaboradores Pseudomonas aeruginosa, bacteria presente en el ambiente | gaceta Digital UNAMPseudomonas aeruginosa es una bacteria presente en el ambiente, patógena para el humano y otros mamíferos. Estamos expuestos a ella pero no todos enfermamos por su motivo; esto depende de cómo se encuentra nuestro sistema inmunológico. Sólo si tenemos…
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Biotecnología 1 Tarea (entrega 26 de octubre)
Estimados, si quieren estudiar para el examen pueden descargar el siguiente PDF con todo lo que hemos visto en esta sección, solamente estará disponible por esta semana (aprovechen): Loading…
Bioinformática 20 octubre 2015
Predicción de genes codificantes Ejercicio 1. Lee el artículo de Glimmer: https://ccb.jhu.edu/papers/glimmer2.pdf 2. Entra al directorio /usr/share/glimmer3/scripts g3-from-scratch.csh get-motif-counts.awk not-acgt.awk g3-from-training.csh glim-diff.awk upstream-coords.awk g3-iterated.csh match-list-col.awk Describe que es lo que está haciendo cada uno de los scripts *.csh en el directorio. 3. Busca, que es un modelo interpolado de Markov 4. Selecciona un archivo fna…
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Biotecnología tarea 5
Por esta ocasión la tarea se entrega a mano el día de la clase el 20 de octubre, se responde por equipos. Resuelve el siguiente ejercicio, en la imagen de clase había un error que dos de sus compañeros me hicieron ver en el carril #4. Ya está corregido El siguiente es el esquema del…
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Bioinformática 13 de octubre
Alineamientos múltiples de secuencias. 1. Descarga el siguiente archivo: http://pfam.xfam.org/family/PF04069/alignment/seed/format?format=fasta&alnType=seed&order=a&case=u&gaps=none&download=0 Son algunas secuencias de transportadores ABC (OpuAC) 2. Intenta alinear las secuencias con clustalw, clustalx, muscle y mafft 3. Visualiza el resultado en seaview, jalview y clustalx (guarda las pantallas) 4. Con Seaview guarda el alineamiento en todos los formatos posibles (Mase, Phylip, Clustal, MSF,…
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