Categoría: journal club

El metagenoma núcleo de Citrus a través del mundo

El cultivo de cítricos se lleva a cabo desde hace aproximadamente 4000 años. El género Citrus se cultiva en 140 países diferentes, implicando un amplio rango biogeográfico, produciendo hasta 122 millones de toneladas anuales. Debido a esto, el International Citrus Microbiome Consortium (2015) ha realizado el esfuerzo de muestrear suelos y rizosferas de 12 variedades…
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PICRUSt2, una herramienta para la predicción de las funciones en metagenomas.

Una de las estrategias más usadas para la caracterización de las comunidades, es secuenciar genes que están altamente conservados como el 16S rRNA. El cual es un marcador taxonómico y se utiliza mucho para determinar la abundancia relativa de los grupos de bacterias presentes en una comunidad. Sin embargo, las funciones metabólicas de las comunidades…
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Quorum sensing y la producción de sideróforos en Vibrio harveyi

En muchas bacterias la producción de sideróforos está regulada por la detección de quórum (QS), que es un mecanismo de regulación de la expresión génica dependiente de la densidad celular. Las células involucradas son capaces de producir y detectar moléculas de señalización extracelular, llamadas autoinductores, que inducen la expresión génica colectiva y son un indicador…
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Suelos transparentes para fenotipificación de raíces

El cultivo de plantas para investigación se realiza utilizando medios sólidos que emulen el suelo pero que son demasiado opacos para fines de investigación, además de que ofrecen un control limitado de las características que afectan al desarrollo de raíces. Como alternativa se ha usado hidroponía y aeroponía pero no representan las condiciones de cultivo…
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El papel de los sideróforos en las interacciones bacteria-bacteria y bacteria-hospedero

Los sideróforos son metabolitos secundarios con una alta afinidad y espeficidad por el hierro que función como ligandos orgánicos, cuya función es la adquisición de hierro y son regulados positivamente cuando los organismos que los sintetizan necesitan hierro. Los autores escribieron la presente revisión sobre el papel de los sideróforos desde un punto de vista…
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Bacterias en las nubes.

Los microorganismos que pueden vivir en el aire, especialmente bacterias, provienen de diferentes fuentes ambientales: suelo, plantas, agua…y hay estudios que indican que pueden permanecer aerolizados hasta por 3 días antes de que se depositen en alguna superficie, no obstante, sólo una pequeña fracción de ellos permanecen en estado viable. Por otra parte, las comunidades microbianas…
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La composición bacteriana del intestino en Aedes aegypti (dipteros: Culicidae) que son naturalmente susceptibles o reservorio de virus del Dengue

Las relaciones simbióticas entre huésped y microbiomas son estudiadas comúnmente pero la relación tripartita entre los huésped, patógenos y vectores resulta de suma importancia para comprender la transmisión de patógenos y las enfermedades de los huéspedes. las relaciones simbióticas de los microorganismos con los huéspedes se manifiestan de dos posibles maneras: sistemas obligados o no…
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La cooperación entre bacterias mediada por sideróforos es afectada por el estrés ambiental

Existen diferentes mecanismos que promueven la cooperación entre bacterias y la producción de bienes públicos es uno de los mejor estudiados por estar presentes en diversas formas de vida que van desde las bacterias hasta animales sociales. Este tipo de estrategias les ha permitido a las bacterias enfrentar la escasez de nutrientes y el estrés…
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Plantas invasoras y su efecto en la diversidad microbiana del suelo

Las especies invasoras de plantas representan un riesgo a la biodiversidad de los ambientes a los cuales llegan debido a que pueden generar cambios en las dinámicas de nutrientes de los suelos así como desequilibrios en las poblaciones de plantas nativas, las cuales generalmente se ven desplazadas y minimizadas. La mayor parte de los meta…
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Los cambios ambientales antropogénicos afectan la biomasa y estructura de las comunidades microbianas

Se les llama factores de cambio global (GCFs) a una serie de repercusiones de las actividades humanas en el medio ambiente como el enriquecimiento del dióxido de carbono atmosférico (eCO2), la deposición del nitrógeno atmosférico (N) y el cambio de uso de suelo (LUC), entre otros. Gracias a un gran número de estudios, se sabe…
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Endófitos asociados a raíces y hojas de plantas que crecen en ambientes extremos en Chile.

Funciones benéficas para las plantas han sido atribuidas a algunas bacterias endófitas. Muchas de ellas llevan a cabo funciones como la promoción del crecimiento vegetal. Esta promoción, puede ocurrir a través de mecanismos que les permiten: fijar nitrógeno, proteger contra patógenos, detoxificar una gran cantidad de compuestos tóxicos y producir metabolitos secundarios como lo son…
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Conservación del microbioma núcleo de raíz de distintos phyla de plantas

En este trabajo se evaúa el impacto que tienen plantas filogenéticamente distantes creciendo en proximidad a lo largo de una cronosecuencia de suelo (Great Sandy National Park en Cooloola, Australia). Entre los sitios a lo largo de la cronosecuencia hay un empalme de las especies de plantas, de manera que es posible evaluar la influencia…
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La sequía altera los perfiles transcripcionales y metabólicos del suelo

Con la finalidad de conocer los posibles efectos del cambio climático en los suelos, los autores de éste trabajo utilizaron suelos de pradera expuestos a desecación, sobre saturación de agua y condiciones ambientales de humedad (grupo control); para evaluar los efectos de la sequía y el exceso de húmedad en las comunidades de microorganismos del…
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Análisis comparativo de microbiomas de vertebrados revela convergencia entre aves y murciélagos

Los autores analizaron más de 900 especies de vertebrados (315 mamíferos, 491 especies de aves y 86 vertebrados de otras clases) en el entendimiento de que hay una relación entre la dieta y la composición del microbioma en mamíferos pero esto parece ser una excepción más que una regla. Porque se ha observado que se…
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El atlas de proteomas de los tres dominios de la vida

El abaratamiento de los costos de secuenciación y el desarrollo de la genómica funcional ha permitido tener un inventario de las posibles funciones que tienen codificadas los organismos en sus genomas. Gran parte de estas funciones son levadas a cabo por proteínas y aunque se puedan predecir a partir de la secuencia genómica, eso no…
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