En este trabajo se evaluó el potencial de movilidad en suelo de un consorcio bacteriano compuesto por cepas de los géneros Burkholderia, Dyella, Paenibacillus, Pseudomonas, Janthinobacterium y Collimonas en respuesta a compuestos orgánicos volátiles (VOCs) producidos por las raíces de Carex arenaria en presencia y ausencia del patógeno Fusarium culmorum. Los autores desarrollan un sistema…
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PREPARADOs es otro acrónimo que se agrega a la lista (interminable de acrónimos). Es el nombre corto de plant-resembling plant-associated and root-associated domains (dominios relacionados y asociados a plantas y raíces). El acrónimo me recuerda a una cerveza malísima, en Europa dicen que es mexicana: DESPERADOS El artículo está bueno, no como la cerveza.…
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Actividades: Leer el artículo del M5NR Descargar el archivo con los archivos de esta clase La base de datos de anotación es el archivo clase.fasta que es una versión local del M5NR Utilizar el proteoma de Agrobacterium H13 Sigue las siguientes instrucciones Cargando… Prueba hacer un heatmap con las funciones recien anotadas: …
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Ve el siguiente video: Lee las siguientes notas: https://elcomidista.elpais.com/elcomidista/2016/08/31/articulo/1472625105_953819.html http://www.gaceta.unam.mx/20170918/90-4-de-tortillas-en-mexico-contiene-maiz-transgenico/ http://www.gaceta.unam.mx/20171106/presencia-de-maiz-transgenico-de-importacion-en-mexico-20-anos-de-inocuidad-en-productos-derivados-para-consumo-humano-y-animal/ http://web.ecologia.unam.mx/laboratorios/genomica/biotech/articulos_curso/Golden_rice.pdf https://elpais.com/elpais/2016/06/30/ciencia/1467286843_458675.html http://www.elmundo.es/grafico/salud/2015/10/30/5633c8cb22601da2218b458d.html https://www.nytimes.com/es/2017/04/03/mexico-maiz-renegociacion-tlcan/ Loading… Aquí un complemento de lo que vimos en la clase: [<a href=»//storify.com/gram_positivo/alimentos-transgenicos» target=»_blank»>View the story «»Alimentos Transgénicos» J.M. Mulet» on Storify</a>]
Las herramientas y programas listados a continuación serán utilizadas para resolver los ejercicios: pandaseq fastqc fastx_trimmer qiime: assign_taxonomy.py, make_otu_table.py, biom convert R phyloseq: plot_bar, plot_ordination Documentación: http://qiime.org/scripts/index.html https://joey711.github.io/phyloseq/tutorials-index.html Ejercicios. Descarga los archivos que utilizaremos para esta sesión: https://drive.google.com/drive/folders/0B4yYJADlEqTnQW9kckpvbGlrYms?usp=sharing 1. Utilizando la herramienta fastx_trimmer recorta las lecturas crudas de amplicones (R1_sub_pe.fastq y R2_sub_pe.fastq) para que tengan…
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Alineamiento de genomas Vamos a hacer alineamientos entre todos los genomas de las especies de Agrobacterium y tratar de determinar quienes son los más parecidos entre sí (visualmente). Para este objetivo vamos a utilizar el programa MUMmer. Consulte la publicación de MUMmer 3: Kurtz S, Phillippy A, Delcher AL, Smoot M, Shumway M, Antonescu C,…
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Vamos a practicar los conceptos de filogenia. Los datos a utilizar los pueden descargar de la siguiente dirección: Después de descargarlos podemos comenzar con un clásico de los análisis filogenéticos: Phylip. Pueden revisar este manual que hizo nuestro amigo el Dr. Pablo Vinuesa: http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa/Cursos2RMBF/PDFs/C1/Tutorial_Pablo_Vinuesa_uso_paqute_Phylip.pdf Hagan los pasos hasta conseguir un arbol de NJ Ahora bien,…
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La siguiente parte se entrega a mano el 24 de octubre de 2017 en la clase, por equipos de laboratorio: Ejercicio 1. Resuelve el siguiente ejercicio de restricción: Ejercicio 2 El siguiente es el esquema del plasmido 31416 (p31416): Las enzimas de restricción que cortan el vector se muestran a continuación, no hay ningún otro…
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El día de hoy quiero que hagan un ejercicio de genómica comparativa, un diagrama de Venn comparando el número de proteínas compartidas por al menos 4 especies de Agrobacterium que están analizando. Sugerencias: 1. Utiliza BLASTp para hacer tus comparaciones. 2. La clave está en los identificadores. 3. Un formato tabular de reporte de BLAST…
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1. A partir de los resultados del ejercicio de agrupamiento en familias de proteínas de una de las especies de Agrobacterium (28 de agosto), reproduce la figura 9 del artículo de Pushker et al., 2004. Realiza la anotación con las base de datos de COG (https://drive.google.com/file/d/0B4yYJADlEqTndnBfV1Y3akI4QjQ/view?usp=sharing) utilizando como criterio de corte 30% de identidad y…
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Predicción de genes no codificantes: 1. Descarga el código fuente de tRNAScanSE: wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz , el artículo lo puedes consultar en: http://nar.oxfordjournals.org/content/25/5/0955.abstract?sid=c28dd9c3-943e-44d4-99fe-15ee8a5ac051 2. Descomprime el archivo 3. Entra al directorio de tRNAscan-SE 4. Ejecuta un ls -lh y guarda la salida a un archivo 5. Ejecuta el comando make 6. Ejecuta el comando make install…
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Predicción de genes codificantes Ejercicio 1. Lee el artículo de Glimmer: https://ccb.jhu.edu/papers/glimmer2.pdf 2. Busca, que es un modelo interpolado de Markov 3. Selecciona un archivo fna (de Agrobacterium) de un cromosoma y corre la predicción de genes. Baja el siguiente script en la carpeta en la que estes trabajando: https://drive.google.com/file/d/0B7dtIr9rg974M25Wb3Zndkt6QkU/view?usp=sharing Cambia sus permisos a ejecutable:…
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1. Lee el siguiente primer: http://www.cbcb.umd.edu/research/assembly_primer Explica: ¿Qué es la cobertura de secuenciación? ¿Qué utilidad tiene la ecuación Lander-Waterman? ¿Porqué se originan errores de ensamblado en regiones repetitivas? ¿Qué es un contig? ¿Qué es un scaffold? ¿Qué diferencia hay entre un ensamblador de tipo Greedy y un Overlap-layout-consensus? ¿Qué es un camino Hamiltoniano? ¿Qué es…
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Modelos ocultos de Markov Consulta el manual de HMMEr: http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf Describe las funciones relacionadas a hmmer: hmmalign hmmconvert hmmlogo hmmscan hmmstat hmmbuild hmmemit hmmpgmd hmmsearch hmmc2 hmmfetch hmmpress hmmsim Genera un modelo oculto de markov con el alineamiento generado la semana pasada (ejercicio 3) en hmmer Cuando tengas el alineamiento y el modelo oculto de…
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