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Bioinformática 6 de Noviembre. Amplicones

6 noviembre, 2017

Las herramientas y programas listados a continuación serán utilizadas para resolver los ejercicios: pandaseq fastqc fastx_trimmer qiime: assign_taxonomy.py, make_otu_table.py, biom convert R phyloseq: plot_bar, plot_ordination Documentación: http://qiime.org/scripts/index.html https://joey711.github.io/phyloseq/tutorials-index.html Ejercicios. Descarga los archivos que utilizaremos para esta sesión: https://drive.google.com/drive/folders/0B4yYJADlEqTnQW9kckpvbGlrYms?usp=sharing 1. Utilizando la herramienta fastx_trimmer recorta las lecturas crudas de amplicones (R1_sub_pe.fastq y R2_sub_pe.fastq) para que tengan…
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Bioinformática 30 de octubre

30 octubre, 2017

Alineamiento de genomas Vamos a hacer alineamientos entre todos los genomas de las especies de Agrobacterium y tratar de determinar quienes son los más parecidos entre sí (visualmente). Para este objetivo vamos a utilizar el programa MUMmer. Consulte la publicación de MUMmer 3: Kurtz S, Phillippy A, Delcher AL, Smoot M, Shumway M, Antonescu C,…
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bioinformática 2017 filogenia

23 octubre, 2017

Vamos a practicar los conceptos de filogenia. Los datos a utilizar los pueden descargar de la siguiente dirección: Después de descargarlos podemos comenzar con un clásico de los análisis filogenéticos: Phylip. Pueden revisar este manual que hizo nuestro amigo el Dr. Pablo Vinuesa: http://www.ccg.unam.mx/~vinuesa/Cursos2RMBF/PDFs/C1/Tutorial_Pablo_Vinuesa_uso_paqute_Phylip.pdf Hagan los pasos hasta conseguir un arbol de NJ Ahora bien,…
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Biotecnología 2017 tarea, entrega el 24 de octubre

17 octubre, 2017

La siguiente parte se entrega a mano el 24 de octubre de 2017 en la clase, por equipos de laboratorio: Ejercicio 1. Resuelve el siguiente ejercicio de restricción: Ejercicio 2 El siguiente es el esquema del plasmido 31416 (p31416): Las enzimas de restricción que cortan el vector se muestran a continuación, no hay ningún otro…
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Bioinformática 16 de octubre 2017

16 octubre, 2017

El día de hoy quiero que hagan un ejercicio de genómica comparativa, un diagrama de Venn comparando el número de proteínas compartidas por al menos 4 especies de Agrobacterium que están analizando. Sugerencias: 1. Utiliza BLASTp para hacer tus comparaciones. 2. La clave está en los identificadores. 3. Un formato tabular de reporte de BLAST…
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Bioinformática 9 de octubre. Anotación

9 octubre, 2017

1. A partir de los resultados del ejercicio de agrupamiento en familias de proteínas de una de las especies de Agrobacterium (28 de agosto), reproduce la figura 9 del artículo de Pushker et al., 2004. Realiza la anotación con las base de datos de COG (https://drive.google.com/file/d/0B4yYJADlEqTndnBfV1Y3akI4QjQ/view?usp=sharing) utilizando como criterio de corte 30% de identidad y…
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Bioinformática predicción de genes no codificantes 2 de octubre 2017

2 octubre, 2017

Predicción de genes no codificantes: 1. Descarga el código fuente de tRNAScanSE: wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz , el artículo lo puedes consultar en: http://nar.oxfordjournals.org/content/25/5/0955.abstract?sid=c28dd9c3-943e-44d4-99fe-15ee8a5ac051 2. Descomprime el archivo 3. Entra al directorio de tRNAscan-SE 4. Ejecuta un ls -lh y guarda la salida a un archivo 5. Ejecuta el comando make 6. Ejecuta el comando make install…
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Ejercicio de predicción de genes, bioinformática 2017

26 septiembre, 2017

Predicción de genes codificantes Ejercicio 1. Lee el artículo de Glimmer: https://ccb.jhu.edu/papers/glimmer2.pdf 2. Busca, que es un modelo interpolado de Markov 3. Selecciona un archivo fna (de Agrobacterium) de un cromosoma y corre la predicción de genes. Baja el siguiente script en la carpeta en la que estes trabajando: https://drive.google.com/file/d/0B7dtIr9rg974M25Wb3Zndkt6QkU/view?usp=sharing Cambia sus permisos a ejecutable:…
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Bioinformática ejercicio 18 de septiembre

18 septiembre, 2017

1. Lee el siguiente primer: http://www.cbcb.umd.edu/research/assembly_primer Explica: ¿Qué es la cobertura de secuenciación? ¿Qué utilidad tiene la ecuación Lander-Waterman? ¿Porqué se originan errores de ensamblado en regiones repetitivas? ¿Qué es un contig? ¿Qué es un scaffold? ¿Qué diferencia hay entre un ensamblador de tipo Greedy y un Overlap-layout-consensus? ¿Qué es un camino Hamiltoniano? ¿Qué es…
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Bioinformática ejercicio 11 septiembre

11 septiembre, 2017

Modelos ocultos de Markov Consulta el manual de HMMEr: http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf Describe las funciones relacionadas a hmmer: hmmalign hmmconvert hmmlogo hmmscan hmmstat hmmbuild hmmemit hmmpgmd hmmsearch hmmc2 hmmfetch hmmpress hmmsim Genera un modelo oculto de markov con el alineamiento generado la semana pasada (ejercicio 3) en hmmer Cuando tengas el alineamiento y el modelo oculto de…
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Bioinformática 6 de Noviembre. Amplicones

Bioinformática 30 de octubre

bioinformática 2017 filogenia

Biotecnología 2017 tarea, entrega el 24 de octubre

Bioinformática 16 de octubre 2017

Bioinformática 9 de octubre. Anotación

Bioinformática predicción de genes no codificantes 2 de octubre 2017

Ejercicio de predicción de genes, bioinformática 2017

Bioinformática ejercicio 18 de septiembre

Bioinformática ejercicio 11 septiembre

Biotecnología Tarea 2 (Transcripción)

Bioinformática ejercicio 4 septiembre

Tarea 1 Biotecnología 2018-1

Bioinformática. Ejercicio 28 Agosto

Ejercicio BLAST agosto 2017

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