Entre las prácticas de fertilización de campos de cultivo más comunes se encuentra la adición de fertilizantes de origen animal y vegetal que son una fuente de microorganismos benéficos o patógenos en el microbioma de las plantas. En este trabajo se analiza la influencia que distintos fertilizantes, orgánicos y sintéticos tienen en el microbioma de…
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Este artículo realiza un análisis intregral del microbioma y metaboloma a fin de identificar especies indicadoras de bacterias intestinales asociadas con los niveles de colesterol y coprostanol en pacientes con infección de Clostridium difficile (CDI). Esta infección se caracteriza por el desequilibrio del microbioma intestinal y del metaboloma fecal. Se conoce que altas concentraciones de…
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Bacillus pumilus, una especie que forma endosporas, ocurre naturalmente en los sistemas de raices de plantas de importancia comercial. Sorprendentemente, sus esporas presentan altas tasas de sobrevivencia al ser expuestas a condiciones espaciales en la Estación Espacial Internacional. Por su resistencia a la desecación y radiación B. pumilus SAFR-032 se ha clasificado como un organismo…
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Se sabe que el proceso de descomposición de un cuerpo está mediado por microorganismos, sin embargo, se desconoce sobre los grupos taxonómicos y la influencia de sus funciones en los ciclos de nutrientes (C,N). Metcalf y colaboradores, caracterizaron la comunidad microbiana en cádavares de ratones y humanos en descomposición, así como en diferentes tipos de…
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En el artículo de mis amigos Alejandro Manzano y Amparo Latorre se presenta un análisis genómico del proceso de erosión genómica al que se ven sometidas las bacterias que se vuelven simbiontes obligados, de tal manera que se pierden las funciones redundantes y no esenciales de los genes codificados en sus genomas. Es un buen…
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En esta entrega del experimento de evolución a largo plazo, se reportan las tendencias de genómica evolutiva de 12 poblaciones de Escherichia coli creciendo en un medio homogéneo. Los autores investigaron qué fracción de mutaciones nuevas presentes en un linaje son benéficas, para ello secuenciaron el genoma de dos clonas de todas las poblaciones cada…
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El objetivo de este trabajo fue probar si las plantas modulan sus exudados en presencia de un patógeno y si este cambio altera la composición del microbioma de rizósfera. Para esto inoculan el patógeno Ralstonia solanaceum en plantas de tomate, colectan los exudados de las raíces y los inoculan en suelo. También analizan la composición…
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Ensamblado $wget https://github.com/dzerbino/velvet/archive/master.zip Entra al directorio donde descargaste Velvet. Descomprime velvet (unzip) entra a velvet-master lee el contenido de README.txt compila el programa entra al directorio tests ¿Cuántas secuencias tiene el archivo reads.fq.gz? Ejecuta el siguiente comando: $fastqc reads.fq.gz Ejecuta: $firefox reads.fq_fastqc/fastqc_report.html ¿Qué se genera? Ejecuta: $evince ../Manual.pdf & $ ../velveth ensamble 31 -fastq.gz -short reads.fq.gz $../velvetg…
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Estimad@s, Para la siguiente clase les pido que traigan descargados los siguientes archivos: $wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz $wget http://eddylab.org/software/ssu-align/ssu-align-0.1.1.tar.gz $wget http://132.247.90.91/bioinfo/cog.tar.gz Instalar glimmer: $sudo apt-get install tigr-glimmer
En este trabajo se comparó la actividad de fijación de nitrógeno y solubilización de fósforo generada en rizósferas de trigo inoculado desde semilla con distintas combinaciones de inóculos a lo largo de 24 semanas. Se utilizaron cepas diazótrofas (Mesorhizobium, Azotobacter) y solubilizadoras de fósforo (Pseudomonas, Serratia) y Anabaena como la cepa formadora de biopelícula. Se…
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El síndrome de ojo seco se puede definir como una película lagrimal anormal causada por una deficiencia en la secreción lagrimal o una excesiva evaporación de la lágrima. Este padecimiento es más común en mujeres mayores de 55 años. Las técnicas de diagnóstico de ojo seco no son uniformes, por lo que Zhou y colaboradores,…
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Los autores sostienen que un genoma con un código genético modificado se encuentra aislado genéticamente ya que el DNA obtenido a partir de otros genomas, plásmidos o virus sería transcrito de manera errónea. Este aislamiento podría resultar conveniente ya que un organismo con este genoma se volverá insensible a la transferencia horizontal de genes y…
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En relación con el efecto de la temperatura en la diversidad de las comunidades de microbios del suelo, el presente trabajo utiliza tres marcadores moleculares (16S, ITS y nifH) para estudiar la diversidad en seis ecosistemas de bosque. Estos sitios, que incluyen desde el norte de Estados Unidos hasta Panamá, cubren un gradiente térmico que…
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El objetivo de este trabajo fue caracterizar a la bacteria rizobia Rhizobium radiobacter cepa VBCK1062 la cual es resistente a arsénico, productora de EPSs y está asociada a la leguminosa Vigna radiata que crece en zonas agrícolas contaminadas con metales pesados, así como estudiar algunas de sus adaptaciones en éste ambiente. Caracterizaron el límite de resistencia…
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Los Sistemas de Secreción de tipo III son sistemas moleculares que median la interacción célula-célula entre bacterias Gram Negativas y eucariontes, están implicados en la virulencia y también en interacciones mutualistas con plantas. En este trabajo analizan el efecto del sistema de secreción tipo III de Pseudomonas fluorescens en las micorrizas (Funneliformis mosseae) y comunidad…
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