Para el martes tienen que leer el artículo de cloroplasto y hacer un ensayo: Reconstruction of the Ancestral Plastid Genome in Geraniaceae Reveals a Correlation between Genome Rearrangements, Repeats, and Nucleotide Substitution Rates Mao-Lun Weng,*,1 John C. Blazier,1 Madhumita Govindu,1 and Robert K. Jansen1,2 2013 El artículo está en la liga de dropbox
La tarea la puedes descargar de la siguiente liga: https://copy.com/JoAZWANb649q Las respuestas se reciben como comentarios en esta entrada. La fecha límite de entrega es el miércoles 26 de marzo, antes de la clase.
Hoy utilizaremos el paquete Adegenet de R. En el tutorial que les comenté les dicen como trabajar con una base de datos ejemplo. Si quieren podrán trabajar con esa base. Para los que quieran manipular un poco más, les dejo otra base de datos con la que podrán trabajar. Esa está en la linea siguiente.…
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Les subo las funciones que vimos ayer en el curso. No pude adjuntar el archivo así que se los copio aquí. Estas nos servirán para hacer la práctica de mañana. Por favor mañana traigan instalado R y las librerías siguientes: adegenet, ape, hierfstat, genetics y vegan. En el archivo de texto dice como instalarlas. En…
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Para la sesión de hoy no se garantizan los resultados si no se esta usando bio-linux, por los programas que hay que instalar y sus dependencias. Prerequisitos: fastx toolkit http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html velvet https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/ glimmer3 http://ccb.jhu.edu/software/glimmer/index.shtml Artemis https://www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/ (Que puede ejecutarse desde la web, en este link, se necesita Java: https://www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/java/artemis.jnlp ) Ensamblando y verificación de calidad…
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Por favor, observa los siguientes videos: Ahora, escribe un breve ensayo (máximo 1 cuartilla), en el que resumas que se hizo para generar a la bacteria sintética. Si necesitas información extra puedes revisar los siguientes vínculos: http://en.wikipedia.org/wiki/Mycoplasma_laboratorium La noticia en la revista Science: http://www.sciencemag.org/content/328/5981/958.full El artículo de investigación en Science: http://www.sciencemag.org/content/329/5987/52 Además de la cuartilla…
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El ejercicio resuelto (negritas) se pone como comentario en esta entrada, se evaluará. 1. Haz una carpeta nueva que se llame gene_prediction 2. Coloca un enlace simbólico del genoma de Bacillus subtilis, de la carpeta donde viva a gene_prediction ln -s /home/biolinux/NC_000964.fna /home/biolinux/gene_prediction/subtilis.fna 3. Escribe ls -lh y ¿qué te dice el nuevo archivo subtilis.fna?…
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Vamos a revisar este par de artículos, que Jorge nos hará el favor de presentar: 1. Bulgarelli, D. et al. Revealing structure and assembly cues for Arabidopsis root-inhabiting bacterial microbiota. Nature 488, 91–5 (2012). 2. Lundberg, D. S. et al. Defining the core Arabidopsis thaliana root microbiome. Nature 488, 86–90 (2012). Se pueden descargar de…
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Hoy revisamos el examen en clase, por mientras las calificaciones: Cuenta Parcial 1 105001500 7.14 309101787 7.86 309013536 7.14 309029249 NP 308185676 8.93 310597564 10 306001712 3.21 307077378 8.21 411042929 7.5 309126960 8.93 309220233 10 306699827 7.86 303058834 8.57 309167732 NP 304105371 5.71 309168650 5.36 309177319 7.86 309571047 9.29 308115273 5 308200760 6.43 309208659…
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Hay que leer este par de artículos para el martes: What is a hidden Markov model? Nature Biotechnology 22, 1315 – 1316 (2004) doi:10.1038/nbt1004-1315 http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n10/pdf/nbt1004-1315.pdf A.L. Delcher, K.A. Bratke, E.C. Powers, and S.L. Salzberg. Identifying bacterial genes and endosymbiont DNA with Glimmer, Bioinformatics 23:6 (2007), 673-679. http://ccb.jhu.edu/papers/glimmer3.pdf
1. A partir del ejercicio anterior, en el archivo .ptt con la ayuda de grep identifica a todos los genes anotados como transportador ABC (ABC transporter). 2. Utilizando el comando seqret, de emboss encuentra la forma de hacer un archivo multifasta con todos los transportadores ABC del genoma predicho. Pistas, se utilizan las coordenadas de…
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1. Entra a la carpeta con nombre Bacillus subtilis 168 uid57675 en el sitio ftp siguiente: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/ 2. Descarga los archivos gbk ptt ffn frn fna desde la terminal con el comando wget, si necesitas ayuda sobre wget teclea: wget –help 3. Explora los archivos desde la terminal con cat, less / more, ¿Qué contienen…
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También vamos a revisar este capítulo de BLAST: https://copy.com/xoSiDblPv9R4 Además de leerlo, y en lugar de control de lectura hacer (o intentar) los ejercicios del final del capítulo: 1. Which of the following in the BLAST output provides an estimate of the false positive rate of the BLAST search: E-value, Score, or Identity? 2. What…
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Vean estos dos videos, complementando la información con lo que vimos en clase, de igual forma detalla omisiones, el primer ejemplo es tradicional (con múltiples omisiones) Luego revisen el segundo video y lo que hacia la gente antes de poder hacer animaciones (1971), estudiantes de licenciatura, en la época hippie: Como dato curioso de este…
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http://web.ecologia.unam.mx/laboratorios/genomica/bioinfo/intro.bioinfo.cap1.pdf
