Hay que leer este par de artículos para el martes: What is a hidden Markov model? Nature Biotechnology 22, 1315 – 1316 (2004) doi:10.1038/nbt1004-1315 http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n10/pdf/nbt1004-1315.pdf A.L. Delcher, K.A. Bratke, E.C. Powers, and S.L. Salzberg. Identifying bacterial genes and endosymbiont DNA with Glimmer, Bioinformatics 23:6 (2007), 673-679. http://ccb.jhu.edu/papers/glimmer3.pdf
1. A partir del ejercicio anterior, en el archivo .ptt con la ayuda de grep identifica a todos los genes anotados como transportador ABC (ABC transporter). 2. Utilizando el comando seqret, de emboss encuentra la forma de hacer un archivo multifasta con todos los transportadores ABC del genoma predicho. Pistas, se utilizan las coordenadas de…
Leer más
1. Entra a la carpeta con nombre Bacillus subtilis 168 uid57675 en el sitio ftp siguiente: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/ 2. Descarga los archivos gbk ptt ffn frn fna desde la terminal con el comando wget, si necesitas ayuda sobre wget teclea: wget –help 3. Explora los archivos desde la terminal con cat, less / more, ¿Qué contienen…
Leer más
También vamos a revisar este capítulo de BLAST: https://copy.com/xoSiDblPv9R4 Además de leerlo, y en lugar de control de lectura hacer (o intentar) los ejercicios del final del capítulo: 1. Which of the following in the BLAST output provides an estimate of the false positive rate of the BLAST search: E-value, Score, or Identity? 2. What…
Leer más
Vean estos dos videos, complementando la información con lo que vimos en clase, de igual forma detalla omisiones, el primer ejemplo es tradicional (con múltiples omisiones) Luego revisen el segundo video y lo que hacia la gente antes de poder hacer animaciones (1971), estudiantes de licenciatura, en la época hippie: Como dato curioso de este…
Leer más
http://web.ecologia.unam.mx/laboratorios/genomica/bioinfo/intro.bioinfo.cap1.pdf
1. Field, D. et al. Open software for biologists: from famine to feast. Nat. Biotechnol. 24, 801–3 (2006). http://tinyurl.com/mwdh978
En base a lo que revisamos en clase y a lo que aparece en este capítulo http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26887/ o en tu libro favorito de biología molecular por favor indica al menos 3 omisiones que hace el video. Además haz una lista con los pasos, enzimas, moléculas necesarias para pasar de una secuencia de DNA…
Leer más
Emerson D. et al.2013.Comparative genomics of freshwater Fe-oxidizing bacteria: implications for physiology, ecology, and systematics. Frontiers in Microbiology. doi: 10.3389/fmicb.2013.00254
Karin Holmfeldt , Howard-Varona, Solonenko, Sullivan. 2014. Contrasting genomic patterns and infection strategies of two co-existing Bacteroidetes podovirus genera. Environmental Microbiology
Hacer una narración de que elementos se muestran en el vídeo, de acuerdo a lo que vimos en clase y lo que investigues por tu cuenta sobre el proceso de replicación. Resalta que elementos no se encuentran o se encuentran simplificados en el vídeo. Fecha límite de entrega: Miércoles 19 de febrero, 2014.
1. Ellegren, H. Genome sequencing and population genomics in non-model organisms. Trends Ecol. Evol. 29, 51–63 (2014).
1. Alcaraz, L. D. et al. The genome of Bacillus coahuilensis reveals adaptations essential for survival in the relic of an ancient marine environment. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 105, 5803–8 (2008). Pueden descargarlo de aquí: http://tinyurl.com/memvcmh
Tarea 1. Del siguiente libro leer el resumen ejecutivo y el capitulo 1 (hasta la página 34). Hacer un reporte de lectura, máximo 1 cuartilla, que debe de ser entregado en esta página, en la sección de comentarios. Es necesario que utilices tu nombre con apellidos y el mismo correo electrónico a lo largo del…
Leer más
