Con la finalidad de estudiar como los factores ambientales afectan la vida de los oceános, el proyecto Tara Oceans, ha colectado muestras en los oceános alrededor del mundo. En éste estudio se secuenciaron los metagenomas de 243 muestras, en tres niveles: zona superficial, máxima profundidad de clorofila y zona mesopelágica. Se encontró que la composición…
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En éste trabajo, se analizaron las bases de datos disponibles de secuencias del gen 16S rRNA de diversas muestras: suelo, agua e intestino humano. Con ésta información, se identificaron las comunidades presentes en cada muestra, así como subcomunidades coocurrentes que se encuentran representadas en la mayoría de las muestras. Tras identificar las especies de cada…
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En este trabajo realizan una selección de microbiomas a través de varias generaciones de plantas buscando generar microbiomas que tengan un efecto en la floración (floración prematura y retardada). Una vez que obtienen este microbioma analizan su composición y encuentran características particulares para cada uno. Al inocularlo en nuevas plantas siguen obteniendo el efecto en…
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Bruto y compañia analizaron la frecuencia de 23 genes relacionados con actividad promotora del crecimiento vegetal (PCV) como fijación de nitrógeno, producción de auxinas, solubilización de fosfatos, entre otros. Buscaron estos genes en genomas de Proteobacterias clasificadas con base en su contexto ecológico (bacterias endosimbiontes, saprofitas, fitopatógenas y patogenas de animales), el análisis incluyó 304…
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Biggs y Papin proponen un algoritmo para reconstruir genomas a partir de secuencias metagenómicas tomando como base un índice de conectividad metabólica. Este índice describe la conectividad de cierta reacción con respecto a una ruta metabólica (asiganada a un contig de cierto organismo) y se calcula para todas las rutas metabólicas disponibles para una reacción…
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Los hipólitos son comunidades microbianas que se encuentran debajo de algunas rocas translúcidas en los desiertos.El análisis metagenómico de hipólitos del desierto de Namib, revela que los organismos más abunadantes en éstos sistemas son Actinobacteria, Cyanobacteria y Proteobacteria. Estos Phyla comparten 83 módulos de funciones metabólicas, que podrían representar el núcleo de funciones que necesitan…
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Este artículo utiliza métodos libres de referencias para comparar distintos metagenomas. Nos sirve de inspiración para tratar de sacar otras métricas de comparación de genomas y metagenomas. 1. Kazakov, S. V, Ulyantsev, V. I., Dubinkina, V. B., Tyakht, A. V & Alexeev, D. G. MetaFast: fast reference-free graph-based comparison of shotgun metagenomic data Sergey. 3–6…
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En este estudio se analizaron los suelos de diferentes zonas de un marisma de acuerdo a su tiempo de formación para evaluar cómo las características cambiantes del suelo de cada etapa modifican la estructura y distribución de las comunidades microbianas involucaradas en el ciclaje de nitrógeno mediante el análisis de metagenomas totales y por PCR…
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La técnica de hibridación fluorescente in situ o FISH ha sido ampliamente utilizada en microbiología ambiental y clúnica para identificar, aislar, identificar y aislar taxas microbianos. Sin embargo, la intensidad de la señal de fluorescencia es un factor limitante para la localizar a todos los miembros de la comunidad, debido a la autoflorescencia de la matriz…
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La biolixiviación es un proceso llevado a cabo generalmente por bacterias autótrofas que no forman biofilms, por ejemplo Acidithiobacillus sp B12. Aunque se sabe que estas bacterias coexisten con heterótrofas que sí forman biofilms, los efectos que genera la coexistencia de ambos grupos no están claros. Jeremic y compañía abordaron este problema con un experimento…
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En este trabajo utilizan secuenciación de amplicones y un microarreglo funcional (Geochip) para caracterizar la microbiota de un sedimento de río contaminado por desechos de minería. Yin H, Niu J, Ren Y, Cong J, Zhang X, Fan F, et al. An integrated insight into the response of sedimentary microbial communities to heavy metal contamination. Sci…
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En este trabajo se analiza in situ la distribución espacial de algunas enzimas de la rizósfera de maíz y lenteja, para conocer si existen patrones espaciales específicos para cada enzima, o si este depende del sistema radical o de la especie. Analizan la ß-glucosidasa, celobiohidrolasa, leucina-aminopeptidasa y fosfatasa. Encuentran patrones específicos para cada especie y…
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El trabajo se realizó con una muestra tomada de un biorreactor de lodos activados. El DNA se extrajo por medio de dos técnicas y se obtuvieron secuencias metagenómicas para cada técnica. Al comparar los niveles de cobertura de los scaffolds obtenidos en cada técnica, se obtuvieron agrupamientos que corresponden a bins de genomas putativos. Posteriormente,…
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En este trabajo realizaron un screening de genes implicados en la esporulación de Bacillus subtilis mediante una aproximación de Tn-seq. Se construyó una biblioteca de inserciones de transposones, se secuenciarion en masse las regiones flanco de dichas inserciones y se analizó la diferencia en la frecuencia de lecturas en el tiempo cero (T0, el inicio…
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Tn-seq se basa en la construcción de una biblioteca saturada con inserciones de transpones. Después de la selección de biblioteca (sometiendo a los mutantes a una condición determinada) los cambios en la frecuencia de inserción de cada mutante se determinan al secuenciar en masse de las regiones flanco de las inserciones. Estos cambios en la…
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