La caracterización de comunidades microbianas a través de la secuenciación masiva de bibliotecas de amplicones del gen ribosomal 16S tiene como limitante a las bases de datos contra las cuales se realiza la anotación. Estas bases de datos sub representan a organismos ambientales y no cultivables, y en ocasiones carecen de rangos taxonómicos completos para…
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Aunque se sabe que el genotipo de las plantas influye en la microbiota con la que pueden interactuar, la manera en que los genes específicos dirigen las interacciones entre las plantas y sus hospederos es un tema que no ha sido estudiado a profundidad. Esto se debe a que algunas características ligadas a las plantas…
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Conocer la tasa de crecimiento de los organismos es útil para llevar a cabo experimentos de ecología experimental y para modelar matemáticamente las dinámicas de crecimiento de comunidades. Gracias a la bonanza actual de datos de secuenciación, ha sido posible ligar ciertas características genómicas o de los propios datos de secuenciación a la velocidad de…
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En este trabajo se cultivaron en aeroponia plantas de lechuga (Lactuca sativa) para determinar las diferencias entre las comunidades originales y las seleccionadas por las plantas, determinar si las comunidades en raíz son dinámicas y comparar estos resultados con los patrones publicados para cultivos en suelo. Para regar se utilizó una solución nutritiva diluida en…
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El microbioma intestinal es uno de los factores más reconocidos en la salud del humano así como un importante objetivo en diferentes tratamientos medicinales. Diferentes drogas pueden afectar la composición del microbioma intestinal y desbalancear la actividad metabólica. estudiar este tipo de efectos puede ser muy costoso y genera condiciones que son ajenas a la…
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El pangenoma es un concepto que se refiere al conjunto total de genes dentro de una especie o género bacterianos. Este se divide en genes compartidos por todos los miembros de la especie (núcleo) y en genes exclusivos de algunos miembros (accesorios). Este tipo de información se ha generado a partir de bacterias aisladas con…
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A grandes rasgos, existen dos factores bióticos que regulan las comunidades de bacterias y hongos del suelo: los desperdicios y exudados de las raíces de las plantas y la regulación por depredadores de bacterias y hongos. El papel que juegan los depredadores del suelo puede afectar de manera directa e indirecta a las comunidades y…
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Durante las infecciones, las bacterias patógenas secretan una amplia gama de factores de virulencia para colonizar y crecer dentro del huésped. Las moléculas secretadas pueden ser sideróforos para la captación de hierro, moléculas de señalización para la detección de quórum (QS), toxinas para atacar las células huésped y compuestos de la matriz para la formación…
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En Quebec, las actividades mineras se llevan a cabo desde hace más de 100 años, dichas actividades han dejado muchos desechos mineros y minas abandonadas. Las características de estos suelos con desechos mineros son: pH ácido, altas concentraciones de metales pesados y poco contenido orgánico. Por esta razón, las plantas tienen dificultades para establecerse en…
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Helicobacter pylori es una bacteria que habita el estómago humano que bajo ciertas condiciones puede generar úlceras y en casos graves cáncer. La demografía de esta bacteria refleja la del ser humano y ya que su transmisión se da por contacto cercano en familias y comunidades, se ha hipotetizado que existe una alta estructura en…
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La vaginosis bacteriana (BV) afecta hasta el 50% de las mujeres en África. Esta condición incrementa el riesgo de abortos e infecciones con VIH sin tener un tratamiento efectivo, convirtiéndose en un padecimiento recurrente. Se conoce que el pene es un reservorio de microorganismos que pueden ser aportados al microbioma vaginal, existiendo diferencias entre sujetos…
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Las asociaciones planta microbiomas son importantes para el crecimiento y salud del hospedero. Sin embargo, poco se sabe sobre cómo se ensambla una comunidad y los efectos benéficos de los microbiomas sobre las plantas. Estudios previos en plantas y humanos, han demostrado que se pueden ensamblar comunidades sintéticas disminuidas (es decir que estén constituidas por…
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Con la secuenciación en masa de amplicones de 16S la norma ha sido generar clusters basados en similaridad para generar las unidades taxonómicas de operación. Con los avances de la secuenciación se han aumentado el largo de los fragmentos con los se analizan las comunidades bacterianas. Una de las más recientes es la secuenciación de…
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En el 2013, menos de una sexta parte de las colecciones cultivables de microorganismos estaban registradas en la base de datos Culture Collection INFOrmation (CCINFO), restringiendo así la accesibilidad a estas. Con el fin de establecer un catálogo electrónico con las colecciones cultivables la World Data Centre for Microorganisms (WDCM) construyó un sistema para manejo…
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El gen de rRNA 16S es el marcador molecular por excelencia en los estudios de ecología molecular para comunidades bacterianas. Aunque en teoría cada amplicón secuenciado representa a una célula de la comunidad, se sabe que muchos organismos pueden tener varias copias de este gen en su genoma e incluso se han detectado adquisiciones de…
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