Este trabajo estudia la variabilidad de una misma especie (16S rRNA) a nivel pangenómico de la misma poza en Cuatro Ciénegas. Además de analizar las estrategias para la asimilación de fósforo. Además remarca la importancia de que la predicción in silico tiene sus limitantes ya que varias de las auxotrofías a aminoácidos no pudieron ser…
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En este trabajo se analizan las comunidades bacterianas en un gradiente de sucesión primaria de una marisma, así como las comunidades de la rizósfera y endosfera de Limonium vulgare, una planta presente en todas las etapas sucesionales de esta marisma (5, 15, 35, 65 y 105 años). Los phyla dominantes en el suelo, rizósfera y…
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Hola, vamos a revisar los avances y revisaremos este artículo: http://www.plosone.org/article/info%3Adoi/10.1371/journal.pone.0099641 http://www.plosone.org/article/fetchObject.action?uri=info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0099641&representation=PDF
Buen día Espero se encuentren bien. El martes 17 de Junio tendrémos un seminario, que dará Oscar, sobre el artículo del iTOL de Cicarrelli (2006). Les dejo la referencia y el link para descargarlo. El seminario será en la sala de juntas de siempre, a las 11 am. http://www.sciencemag.org/content/311/5765/1283.full Toward Automatic Reconstruction of a Highly…
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Hola hace un tiempo hice este post para tener idea de como manipular y hacer heatmaps: http://ldalcaraz.blogspot.mx/2012/07/como-hacer-un-heatmap-y-extraer.html#.U0bfpaYjuIC Pienso que les puede ser de utilidad…
Vamos a revisar este par de artículos, que Jorge nos hará el favor de presentar: 1. Bulgarelli, D. et al. Revealing structure and assembly cues for Arabidopsis root-inhabiting bacterial microbiota. Nature 488, 91–5 (2012). 2. Lundberg, D. S. et al. Defining the core Arabidopsis thaliana root microbiome. Nature 488, 86–90 (2012). Se pueden descargar de…
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Hola, este seminario estará a cargo de Oscar. La lectura recomendada, es la siguiente: The Core- and Pan-Genomes of Photosynthetic Prokaryotes https://drive.google.com/file/d/0B7dtIr9rg974YTVQTHk1VVBuNjNpTTJpU3pIMlMtSUdXd2g0/edit?usp=sharing
Primero, hay que instalar bio-linux. Para determinar que opción te conviene más voy a considerar 4 escenarios: *Recomendada para el curso. Tienes Mac/Windows, con capacidad de usar Virtualbox (Procesador X64, virtualización, memoria suficiente (min 4 GB), disco duro (min 10 Gb)). Versión para Windows, para generar un disco de inicio, cargar una sesión en vivo.…
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De la página: http://elements.eaglegenomics.com/ Versión interactiva!
Vamos a revisar esta lectura: 1. Berendsen RL, Pieterse CMJ, Bakker P a HM: The rhizosphere microbiome and plant health. Trends Plant Sci 2012, 17:478–86. http://tinyurl.com/ljuugvp
Para el seminario del grupo esta semana (14-Feb-2014) vamos a revisar este capítulo de BLAST: https://copy.com/xoSiDblPv9R4
Si comienzas a trabajar en análisis de genes/genomas en nuestro grupo necesitas tener conocimientos básicos de como interactuar con el sistema operativo UNIX/Linux. A continuación algunos tutoriales: http://www.ee.surrey.ac.uk/Teaching/Unix/
En este sitio hay un tutorial de scripting en shell que les puede ser de utilidad: http://www.freeos.com/guides/lsst/ Aquí esta el sitio, pero de preferencia usen el link de arriba!
