2017 Biotecnología Tarea 3
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2017 Bioinformática. Práctica 29 de agosto
Fecha límite de entrega el domingo 4 de septiembre a las 23:00 El ejercicio de hoy es clave para comprender como organizar la información genómica, en particular las familias de genes/proteínas. Es una actividad por equipos de al menos 2, máximo 3 personas (obligatorio, no se califican trabajos individuales). Primero hay que hacer algunas lecturas:…
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2017-1 Biotecnología, Tarea 2
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2017 Bioinformática práctica 22 de agosto
Vamos a determinar los ortólogos presentes entre dos especies de Agrobacterium Es una actividad por equipos (2 o 3 personas máximo). De las lecturas de BLAST y de revisar el artículo siguiente: Moreno-Hagelsieb, G., & Latimer, K. (2008). Choosing BLAST options for better detection of orthologs as reciprocal best hits. Bioinformatics (Oxford, England), 24(3), 319–24.…
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Microbioma de la capa mucosa superficial del coral: Dinámica en la comunidades procariotas en condiciones naturales y de perturbación
El objetivo de este trabajo fue estudiar la dinámica en la comunidades microbianas de la capa mucosa de la superficie del coral Porites astreoides a lo largo del ciclo natural de envejecimiento y muda de dicha capa mucosa, y de qué forma afecta al coral eliminar el microbioma natural de dicha capa mucosa a través…
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Procesos estocásticos ligados a cambios ambientales moldean la composición del microbioma del suelo.
En este trabajo se realizaron experimentos en campo a lo largo de 5 años probando distintos tratamientos que simulan perturbaciones antropogénicas (adición de fertilizantes, manejo de suelo) para observar los cambios que dichas perturbaciones generan en la composición genética y filogenética de las comunidades bacterianas del suelo y ligarlos a procesos estocásticos (colonización/dispersión) o deterministas…
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Acne vulgaris como modelo ideal para estudiar el microbioma de la piel
El estudio de la enfermedad acne vulgaris (conocida como acné) podría servir como un modelo de enfermedad para estudiar las interacciones entre el huésped y la microbiota de la piel. Kang y colaboradores sugieren este modelo debido a que la piel presenta una baja densidad microbiana, se logran identificar claramente los patrones funcionales de salud…
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Comunidad de microorganismos de la rizósfera de Welwitschia
En este trabajo determinan la comunidad de bacterias y hongos asociados a la raíz de Welwitschia mirabilis, una planta muy longeva (hasta 1500 años ) la cual habita en regiones hiper áridas y se consideran de importancia para los ecosistemas locales. Analizaron muestras de rizósfera de tres ejemplares y del suelo en el que estos…
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La respuesta de una arquea ante un choque metálico
Se evaluó la actividad transcripcional de la arquea termoacidófila Metallosphaera sedula ante la exposición abrupta a concentraciones inhibitorias y no inhibitorias de cobalto, niquel, cobre, zinc y uranio; para ello se generó un microarreglo ad hoc que contenía sondas para todos los posibles marcos de lectura abiertos (ORFs) identificados en su genoma. Wheaton y compañia…
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Microbiomas de dos sistemas análogos pero altamente contrastantes: intestino y raíz
En el presente trabajo de revisión se establece una analogía entre intestino y raíz (debido a su participación en la asimilación de nutrientes), para tratar de explicar las diferencias entre los microbiomas de ambos sistemas. Al reanalizar los datos de microbiomas (raíz, intestinos humanos, de mamíferos y de peces) obtenidos en estudios previos, encontraron claras…
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Biotecnología 1. Tarea 1
Fecha límite de entrega 23 de agosto 12:00 p.m. Loading…
Bioinformática 15 de agosto 2016
https://drive.google.com/file/d/0B7dtIr9rg974QUFIeEI5YkpGbTg/view?usp=sharing Loading…
Influencia del genotipo y el sustrato en el microbioma de rizósfera de seis especies de planta
Éste trabajo se realizó con la finalidad de conocer la influencia que ejercen las plantas (Arabidopsis, Medicago, Brachypodium, Brassica, Pisum y Tricum) y el suelo en las comunidades microbianas de la rizósfera. Para ello se utilizó un inóculo de suelo original que se mezcló con dos sustratos estériles diferentes: uno de arena (pobre en nutrientes)…
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Rizósferas de plantas nativas de ambientes extremos en Chile
En este trabajo comparan las comunidades de bacterias de la rizósfera de plantas de diferentes especies dentro de un ambiente y en diferentes ambientes cómo el Desierto de Atacama, los Andes y la Antártica. El suelo de los sitios de estudio presenta una gran variación físico-química; estas dos condiciones permiten estudiar la influencia de ambos…
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Cambios en la estructura y propiedades metabólicas de comunidades bacterianas en rizósferas de maíz cultivado con distintos tratamientos de fertilización.
En este artículo se evalúan las variaciones que ocurren en el perfil metabólico (respiración y actividad enzimática) y la composición de las comunidades bacterianas presentes en la rizósfera de maíz cultivado en tres tipos de suelos tratados con distintos fertilizantes; encontrándose que las comunidades bacterianas eran similares entre sitios y que las variaciones de las…
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