Bioinformática 15 de agosto 2016
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Influencia del genotipo y el sustrato en el microbioma de rizósfera de seis especies de planta
Éste trabajo se realizó con la finalidad de conocer la influencia que ejercen las plantas (Arabidopsis, Medicago, Brachypodium, Brassica, Pisum y Tricum) y el suelo en las comunidades microbianas de la rizósfera. Para ello se utilizó un inóculo de suelo original que se mezcló con dos sustratos estériles diferentes: uno de arena (pobre en nutrientes)…
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Rizósferas de plantas nativas de ambientes extremos en Chile
En este trabajo comparan las comunidades de bacterias de la rizósfera de plantas de diferentes especies dentro de un ambiente y en diferentes ambientes cómo el Desierto de Atacama, los Andes y la Antártica. El suelo de los sitios de estudio presenta una gran variación físico-química; estas dos condiciones permiten estudiar la influencia de ambos…
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Cambios en la estructura y propiedades metabólicas de comunidades bacterianas en rizósferas de maíz cultivado con distintos tratamientos de fertilización.
En este artículo se evalúan las variaciones que ocurren en el perfil metabólico (respiración y actividad enzimática) y la composición de las comunidades bacterianas presentes en la rizósfera de maíz cultivado en tres tipos de suelos tratados con distintos fertilizantes; encontrándose que las comunidades bacterianas eran similares entre sitios y que las variaciones de las…
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Bioinformática 8 de agosto (tarea 1)
Estimad@s alumnos: Por favor, completen el siguiente tutoral de Linux: http://ryanstutorials.net/linuxtutorial/ Este es una muy buena opción sobre el sistema que estamos utilizando: https://help.ubuntu.com/community/Beginners/BashScripting Los que ya tengan algún tipo de experiencia en Linux, pueden adelantar la lectura de Blast: https://www.dropbox.com/s/y5imiep2ksfyks4/Problem%20solving%20handbook%20in%20computational%20biology%20and%20bioinformatics.BLAST.pdf?dl=0 Loading…
Bioinformática 8 de agosto 2016
Estimad@s estudiantes: En la primer sesión se tiene que instalar un sistema que tenga un shell. Pueden descargar la imagen para quemar un DVD o instalar el sistema en USB, se puede correr una sesión en vivo (sin tener que modificar nada de tú máquina) o instalar el sistema operativo en tú máquina del siguiente…
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Influencia del genotipo hospedero en las características funcionales de las comunidades bacterianas
Para entender mejor el efecto del genotipo del hospedero sobre las comunidades bacterianas asociadas a raíz, se utilizaron plantas de dos especies poco relacionadas: trigo y pepino, crecidas en el mismo tipo de suelo. Al utilizar la metagenómica y análisis de ordenamiento para estudiar muestras de suelo y de raíz, se encontró que las diferencias…
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Our new paper available as preprint: Cockatiel gut microbiomes http://ift.tt/29J6rq1 via…
Our new paper available as preprint: Cockatiel gut microbiomes http://ift.tt/29J6rq1 via @PeerJPreprints snapshot1.png
Modelando comunidades microbianas de drenaje ácido de minas
Se analizaron 40 muestras con características ambientales contrastantes de drenaje ácido de minas provenientes del sureste de China. Se describió la diversidad taxonómica a partir de la secuenciación de amplicones de 16S y se obtuvieron perfiles funcionales utilizando arreglos GeoChip 4.0. Los autores encontraron que el pH y la abundancia relativa de algunos linajes microbianos…
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Exploración metagenómica de los oceános
Con la finalidad de estudiar como los factores ambientales afectan la vida de los oceános, el proyecto Tara Oceans, ha colectado muestras en los oceános alrededor del mundo. En éste estudio se secuenciaron los metagenomas de 243 muestras, en tres niveles: zona superficial, máxima profundidad de clorofila y zona mesopelágica. Se encontró que la composición…
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Distinguiendo entre enemigos y amigos: Dissecting endophytic lifestyle along the parasitism/mutualism…
Distinguiendo entre enemigos y amigos: Dissecting endophytic lifestyle along the parasitism/mutualism continuum in Arabidopsis Es un artículo de opinión con algunos datos de lo que discutíamos la semana pasada. ¿Cómo distinguir entre simbiontes y patógenos? En el contexto de microorganismos que viven en el compartimento endofítico. 1. Fesel, P. H. & Zuccaro, A. Dissecting endophytic…
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Coocurrencia de subcomunidades microbianas con capacidades metabólicas complementarias
En éste trabajo, se analizaron las bases de datos disponibles de secuencias del gen 16S rRNA de diversas muestras: suelo, agua e intestino humano. Con ésta información, se identificaron las comunidades presentes en cada muestra, así como subcomunidades coocurrentes que se encuentran representadas en la mayoría de las muestras. Tras identificar las especies de cada…
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Selección de microbiomas a través de generaciones y su efecto en la floración
En este trabajo realizan una selección de microbiomas a través de varias generaciones de plantas buscando generar microbiomas que tengan un efecto en la floración (floración prematura y retardada). Una vez que obtienen este microbioma analizan su composición y encuentran características particulares para cada uno. Al inocularlo en nuevas plantas siguen obteniendo el efecto en…
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Presencia de factores promotores del crecimiento vegetal en distintos grupos de Proteobacteria
Bruto y compañia analizaron la frecuencia de 23 genes relacionados con actividad promotora del crecimiento vegetal (PCV) como fijación de nitrógeno, producción de auxinas, solubilización de fosfatos, entre otros. Buscaron estos genes en genomas de Proteobacterias clasificadas con base en su contexto ecológico (bacterias endosimbiontes, saprofitas, fitopatógenas y patogenas de animales), el análisis incluyó 304…
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Página con varios artículos de microbioma de plantas
http://www.scoop.it/t/plant-microbiome-studies?page=1
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