El objetivo de este trabajo fue probar si las plantas modulan sus exudados en presencia de un patógeno y si este cambio altera la composición del microbioma de rizósfera. Para esto inoculan el patógeno Ralstonia solanaceum en plantas de tomate, colectan los exudados de las raíces y los inoculan en suelo. También analizan la composición…
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Ensamblado $wget https://github.com/dzerbino/velvet/archive/master.zip Entra al directorio donde descargaste Velvet. Descomprime velvet (unzip) entra a velvet-master lee el contenido de README.txt compila el programa entra al directorio tests ¿Cuántas secuencias tiene el archivo reads.fq.gz? Ejecuta el siguiente comando: $fastqc reads.fq.gz Ejecuta: $firefox reads.fq_fastqc/fastqc_report.html ¿Qué se genera? Ejecuta: $evince ../Manual.pdf & $ ../velveth ensamble 31 -fastq.gz -short reads.fq.gz $../velvetg…
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Estimad@s, Para la siguiente clase les pido que traigan descargados los siguientes archivos: $wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz $wget http://eddylab.org/software/ssu-align/ssu-align-0.1.1.tar.gz $wget http://132.247.90.91/bioinfo/cog.tar.gz Instalar glimmer: $sudo apt-get install tigr-glimmer
En este trabajo se comparó la actividad de fijación de nitrógeno y solubilización de fósforo generada en rizósferas de trigo inoculado desde semilla con distintas combinaciones de inóculos a lo largo de 24 semanas. Se utilizaron cepas diazótrofas (Mesorhizobium, Azotobacter) y solubilizadoras de fósforo (Pseudomonas, Serratia) y Anabaena como la cepa formadora de biopelícula. Se…
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El síndrome de ojo seco se puede definir como una película lagrimal anormal causada por una deficiencia en la secreción lagrimal o una excesiva evaporación de la lágrima. Este padecimiento es más común en mujeres mayores de 55 años. Las técnicas de diagnóstico de ojo seco no son uniformes, por lo que Zhou y colaboradores,…
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Los autores sostienen que un genoma con un código genético modificado se encuentra aislado genéticamente ya que el DNA obtenido a partir de otros genomas, plásmidos o virus sería transcrito de manera errónea. Este aislamiento podría resultar conveniente ya que un organismo con este genoma se volverá insensible a la transferencia horizontal de genes y…
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En relación con el efecto de la temperatura en la diversidad de las comunidades de microbios del suelo, el presente trabajo utiliza tres marcadores moleculares (16S, ITS y nifH) para estudiar la diversidad en seis ecosistemas de bosque. Estos sitios, que incluyen desde el norte de Estados Unidos hasta Panamá, cubren un gradiente térmico que…
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El objetivo de este trabajo fue caracterizar a la bacteria rizobia Rhizobium radiobacter cepa VBCK1062 la cual es resistente a arsénico, productora de EPSs y está asociada a la leguminosa Vigna radiata que crece en zonas agrícolas contaminadas con metales pesados, así como estudiar algunas de sus adaptaciones en éste ambiente. Caracterizaron el límite de resistencia…
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Los Sistemas de Secreción de tipo III son sistemas moleculares que median la interacción célula-célula entre bacterias Gram Negativas y eucariontes, están implicados en la virulencia y también en interacciones mutualistas con plantas. En este trabajo analizan el efecto del sistema de secreción tipo III de Pseudomonas fluorescens en las micorrizas (Funneliformis mosseae) y comunidad…
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Fecha límite de entrega el domingo 4 de septiembre a las 23:00 El ejercicio de hoy es clave para comprender como organizar la información genómica, en particular las familias de genes/proteínas. Es una actividad por equipos de al menos 2, máximo 3 personas (obligatorio, no se califican trabajos individuales). Primero hay que hacer algunas lecturas:…
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Vamos a determinar los ortólogos presentes entre dos especies de Agrobacterium Es una actividad por equipos (2 o 3 personas máximo). De las lecturas de BLAST y de revisar el artículo siguiente: Moreno-Hagelsieb, G., & Latimer, K. (2008). Choosing BLAST options for better detection of orthologs as reciprocal best hits. Bioinformatics (Oxford, England), 24(3), 319–24.…
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El objetivo de este trabajo fue estudiar la dinámica en la comunidades microbianas de la capa mucosa de la superficie del coral Porites astreoides a lo largo del ciclo natural de envejecimiento y muda de dicha capa mucosa, y de qué forma afecta al coral eliminar el microbioma natural de dicha capa mucosa a través…
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En este trabajo se realizaron experimentos en campo a lo largo de 5 años probando distintos tratamientos que simulan perturbaciones antropogénicas (adición de fertilizantes, manejo de suelo) para observar los cambios que dichas perturbaciones generan en la composición genética y filogenética de las comunidades bacterianas del suelo y ligarlos a procesos estocásticos (colonización/dispersión) o deterministas…
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