2017-1 Biotecnología, Tarea 2
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2017 Bioinformática práctica 22 de agosto
Vamos a determinar los ortólogos presentes entre dos especies de Agrobacterium Es una actividad por equipos (2 o 3 personas máximo). De las lecturas de BLAST y de revisar el artículo siguiente: Moreno-Hagelsieb, G., & Latimer, K. (2008). Choosing BLAST options for better detection of orthologs as reciprocal best hits. Bioinformatics (Oxford, England), 24(3), 319–24.…
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Biotecnología 1. Tarea 1
Fecha límite de entrega 23 de agosto 12:00 p.m. Loading…
Bioinformática 15 de agosto 2016
https://drive.google.com/file/d/0B7dtIr9rg974QUFIeEI5YkpGbTg/view?usp=sharing Loading…
Bioinformática 8 de agosto 2016
Estimad@s estudiantes: En la primer sesión se tiene que instalar un sistema que tenga un shell. Pueden descargar la imagen para quemar un DVD o instalar el sistema en USB, se puede correr una sesión en vivo (sin tener que modificar nada de tú máquina) o instalar el sistema operativo en tú máquina del siguiente…
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Our new paper available as preprint: Cockatiel gut microbiomes http://ift.tt/29J6rq1 via…
Our new paper available as preprint: Cockatiel gut microbiomes http://ift.tt/29J6rq1 via @PeerJPreprints snapshot1.png
Distinguiendo entre enemigos y amigos: Dissecting endophytic lifestyle along the parasitism/mutualism…
Distinguiendo entre enemigos y amigos: Dissecting endophytic lifestyle along the parasitism/mutualism continuum in Arabidopsis Es un artículo de opinión con algunos datos de lo que discutíamos la semana pasada. ¿Cómo distinguir entre simbiontes y patógenos? En el contexto de microorganismos que viven en el compartimento endofítico. 1. Fesel, P. H. & Zuccaro, A. Dissecting endophytic…
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Analizando parentezco entre metagenomas
Este artículo utiliza métodos libres de referencias para comparar distintos metagenomas. Nos sirve de inspiración para tratar de sacar otras métricas de comparación de genomas y metagenomas. 1. Kazakov, S. V, Ulyantsev, V. I., Dubinkina, V. B., Tyakht, A. V & Alexeev, D. G. MetaFast: fast reference-free graph-based comparison of shotgun metagenomic data Sergey. 3–6…
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Estimando la dinámica de crecimiento poblacional mediante metagenómica
En este trabajo se utilizan medidas de cobertura de secuenciación metagenómica y la cobertura de los mismos como proxy para estimar el crecimiento poblacional. Bajo el supuesto de que el DNA cercano al origen de replicación se encuentra en mayor proporción en poblaciones que se encuentran dividiéndose activamente. Bibliografía: 1. Korem T, Zeevi D, Suez…
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Cuestionario clase posgrado UACM
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Mesa Redonda de Transferencia Horizontal de Genes
Para este viernes en el Colegio Nacional:
Un filtro bacteriano para proteger y filtrar partículas en el intestino de una hormiga!
En este trabajo estudian el establecimiento de bacterias simbióticas en el intestino de una hormiga del desierto de Sonora (Cephalotes rohweri). En el caso de esta hormiga una biopelícula que se forma en el proventrículo de su intestino parece ayudar a mantener un microbioma estable a través de la vida y se discuten las posibilidades…
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Nuestra nueva publicación: El metagenoma de una planta carnívora
El mismo Darwin estudió estas plantas y observó que las trampas de Utricularia y sus fluidos una vez que capturaban la presa se tornaban de un color obscuro hasta que el animal quedaba literalmente fuera de la vista. Darwin en su libro Insectivorous plants (1865), describe que tiene la sospecha de que las trampas secretan algún tipo de…
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