Bioinformática. Tarea 2
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Bioinformática. Tarea 1.
Estimad@s alumnos: Completen el siguiente tutorial de Linux para que practiquen lo visto en clase. http://ryanstutorials.net/linuxtutorial/ Por favor vayan adelantando la lectura de BLAST. Pueden descargar de la siguiente liga: https://drive.google.com/file/d/0B4yYJADlEqTnbS01OUNpMTFJWDQ/view?usp=sharing En la parte inferior encontrarán el formulario en donde pegarán sus respuestas de la tarea. Recuerden, tienen que incluir tanto la respuesta como el…
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Componentes patogénicos al rescate. El sistema de secreción tipo 6 de P. putida confiere protección contra fitopatógenos.
Este trabajo muestra la amplia distribución del sistema de secreción tipo 6 (T6SS) en diferentes especies y cepas de Pseudomonas. Este sistema es encargado de inyectar efectores tóxicos en células blanco. Al analizar el genoma de la cepa KT2440, se encontró que contiene tres clusters de T6SS; uno de los cuales es responsable de la…
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La unión hace la fuerza. El quorum sensing es responsable de mediar los mecanismos inmunes bacterianas
Las bacterias cuentan con un sistema inmune en contra de DNA exógeno; CRISPR-Cas. En este trabajo se observó que los procesos de quorum sensing están involucrados en la respuesta de CRISPR-Cas. Al encontrarse en alta densidad celular y fase exponencial, P. aeruginosa muestra el nivel de expresión mas alto de cas3, lo cual promueve la…
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Mejoramiento de las condiciones nutricionales del suelo por acción sinérgica de bacterias y cyanobacterias
n este trabajo se prueba la inoculación de bacterias, cyanobaterias y consorcios de ambas sobre las semillas de Okra con el objetivo de evaluar si estos microorganismos pueden modificar la disponibilidad y cantidad de nutrientes en el suelo y por esta vía beneficiar a las plantas, incrementando su biomasa radicular y rendimiento. La aplicación de…
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La composición del micriobioma de tomate es más influenciada por variaciones edáficas que por tratamientos de fertilización.
Entre las prácticas de fertilización de campos de cultivo más comunes se encuentra la adición de fertilizantes de origen animal y vegetal que son una fuente de microorganismos benéficos o patógenos en el microbioma de las plantas. En este trabajo se analiza la influencia que distintos fertilizantes, orgánicos y sintéticos tienen en el microbioma de…
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Evaluando la actividad PGPR de biofertilizantes con matrices de biopelículas cyanobacterianas en el crecimiento de trigo.
En este trabajo se comparó la actividad de fijación de nitrógeno y solubilización de fósforo generada en rizósferas de trigo inoculado desde semilla con distintas combinaciones de inóculos a lo largo de 24 semanas. Se utilizaron cepas diazótrofas (Mesorhizobium, Azotobacter) y solubilizadoras de fósforo (Pseudomonas, Serratia) y Anabaena como la cepa formadora de biopelícula. Se…
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Procesos estocásticos ligados a cambios ambientales moldean la composición del microbioma del suelo.
En este trabajo se realizaron experimentos en campo a lo largo de 5 años probando distintos tratamientos que simulan perturbaciones antropogénicas (adición de fertilizantes, manejo de suelo) para observar los cambios que dichas perturbaciones generan en la composición genética y filogenética de las comunidades bacterianas del suelo y ligarlos a procesos estocásticos (colonización/dispersión) o deterministas…
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Cambios en la estructura y propiedades metabólicas de comunidades bacterianas en rizósferas de maíz cultivado con distintos tratamientos de fertilización.
En este artículo se evalúan las variaciones que ocurren en el perfil metabólico (respiración y actividad enzimática) y la composición de las comunidades bacterianas presentes en la rizósfera de maíz cultivado en tres tipos de suelos tratados con distintos fertilizantes; encontrándose que las comunidades bacterianas eran similares entre sitios y que las variaciones de las…
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Análisis del potencial microbiano para el ciclaje de nitrógeno en distintas etapas de formación de suelo.
En este estudio se analizaron los suelos de diferentes zonas de un marisma de acuerdo a su tiempo de formación para evaluar cómo las características cambiantes del suelo de cada etapa modifican la estructura y distribución de las comunidades microbianas involucaradas en el ciclaje de nitrógeno mediante el análisis de metagenomas totales y por PCR…
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Una buena guía para generar una variedad de gráficos en R
Aquí la liga al pdf del acordeón de gráficos con ggplot2 en R. https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/ggplot2-cheatsheet.pdf
Infecciones por nemátodos generan cambios en las comunidades de endófitos de raíces de tomate.
En este trabajo se evalúan los cambios en las comunidades bacterianas y las funciones de endófitos en raíces de tomate cuando éstas son infectadas por nemátodos del género Meloidogyne. Al compararse contra plantas no infectadas, se encontró un decremento en grupos bacterianos antagonistas de patógenos en plantas, específicamente Streptomycetales y Pseudomondales. Adicionalmente, se observó que…
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Endófitos cultivables de plantas en suelos contaminados con metales. Buscando un potencial bioquímico.
Este trabajo muestra la recuperación de un gran número (>400) de aislados endofíticos de raíces y tejido aéreo de la planta Halimone portulacoides, la cual se tomo de sitios alta y medianamente contaminados con metales pesados (CR, Ni, Cu, Zn, As y Hg) así como de un sitio no contaminado. Los aislados fueron tipificados y…
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Variaciones en el microbioma de rizósfera como respuesta a deficiencia de hierro
En este trabajo se observa la variación que existe en el microbioma de rizósfrera en plantas con diferentes estrategias de adquisición de hierro (cebada y tomate). Las plantas fueron estresadas por deficiencia de este nutriente en un sistema hidropónico y cultivadas en dos suelos de características distintas, principalmente la cantidad de carbono inorgánico. Las distintas…
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Uso de técnicas de expresión génica mediada por inductores como herramienta para identificación de genes de interés provenientes de suelos contaminados.
Este trabajo presenta una técnica detallada para la captura de genes relacionados a la degradación de hidrocarburos aromáticos y poliaromáticos a partir de DNA metagenómico de suelos contaminados estos compuestos. La identificación de dichos genes se basa en la inducción por substrato (hidrocarburos aromáticos) en bibliotecas de clonas, las cuales son separadas por citometría de…
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