Dado el cambio climático que se está experimentando en la actualidad, se espera que las zonas áridas y semi áridas del globo se expandan, lo cual es un problema para la agricultura. En la última década, el desierto se ha convertido en un sitio de muestreo de bacterias que estén adaptadas a la escasez de…
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El género Acidithiobacillus está compuesto de bacterias Gram-negativas quimiolitotróficas y debido a que oxidan compuestos inorgánicos de azufre, han sido utilizadas para llevar a cabo biolixiviación de minerales. Bacterias de este género se encuentran en drenaje ácido de minas en donde comúnmente hay concentraciones tóxicas de metales pesados como Hg, Cu y Co, y metaloides…
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La ecología teórica incorpora procesos que creemos que tienen un papel importante en la estructuración de las comunidades: selección, deriva, dispersión y especiación. En la actualidad existe el debate sobre qué tan importante es el efecto de la selección sobre la biodiversidad, de manera que los modelos que no la incorporan son llamados modelos neutrales.…
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Los números de la Enzyme Commission (EC) representan un sistema ontológico que define y organiza las funciones enzimáticas en un lenguaje amigable tanto para humanos como para computadoras. Existen cuatro niveles en esta clasificación, el más general tiene 6 categorías: oxidorreductasas, transferasas, hidrolasas, liasas, isomerasas y ligasas. Los dos niveles siguientes representan subcategorías mientras que…
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Un tema frecuente en el estudio de la evolución de la cooperación mutualista en poblaciones naturales es la aparición de mutantes “egoístas”, que han perdido genes involucrados en la simbiosis, los cuales compiten con los simbiontes mutualistas por los recursos del hospedero. Las bacterias del género Mesorhizobium comúnmente forman asociaciones mutualistas con legumbres, y sus…
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El cambio climático es una amenaza para las poblaciones de plantas y animales. Aunque algunas especies pueden reaccionar rápidamente por medio de la plasticidad fenotípica o la migración, no se sabe si estas modificaciones pueden seguirle el paso a los cambios ambientales que se observan en la actualidad. Por otro lado, se ha reportado que…
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El desarrollo de la secuenciación de DNA de alto rendimiento ha permitido recuperar genomas a partir de secuencias de muestras ambientales. Un paso clave en este proceso es clasificar las secuencias en unidades discretas, llamadas cajones (bin en inglés), para ello se utiliza la información de composición de tetranucleótidos y la cobertura de las secuencias…
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Una de las cuestiones más importantes en el análisis de datos metagenómicos es la inferencia de la composición de la comunidad microbiana, es decir las abundancias relativas de los organismos muestreados. Tradicionalmente, este se lleva a cabo alineando las lecturas o contigs con secuencias genómicas o de proteínas en bases de datos. Sin embargo, con…
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El suelo es un sistema complicado que puede presentar una amplia gama de condiciones contrastantes, como aireación, disponibilidad de nutrientes y pH, por lo tanto es una de los ambientes con mayor diversidad microbiológica conocidos. Los dos grandes grupos de microorganismos que habitan el suelo son los hongos y las bacterias, que además de lidiar…
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La disponibilidad de hierro en el océano es muy baja y principalmente se debe a su baja solubilidad, por lo que el consumo de hierro de los microorganismos a partir de fuentes externas está limitado. La proporción de genes involucrados con el metabolismo del hierro incrementa con la disminución de la concentración de hierro en…
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Conocer los genes que permiten el establecimiento de los microorganismos en el medio ambiente es uno de los principales objetivos de la microbiología moderna con el fin de desarrollar aplicaciones médicas, agrícolas, entre otras. Un factor importante a tomar en cuenta es la genealogía de los miembros de la comunidad, ya que organismos emparentados podrían…
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La estimación de la proporción (cobertura) de la comunidad microbiana real que fue recuperada por métodos de secuenciación masiva es uno de los grandes problemas de los análisis metagenómicos, sobre todo cuando se quiere conocer la diversidad taxonómica presente en una muestra. Las mayores limitantes a la resolución de este problema es el contenido de…
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El desarrollo de los métodos de secuenciación de alto rendimiento nos ha ayudado a tener un mejor entendimiento de la ecología microbiana, así como de la frecuencia y diversidad de genes específicos en diferentes ambientes. Sin embargo, muchas veces no está claro qué profundidad de secuenciación es necesaria para describir a la comunidad de estudio.…
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En este estudio realizado por Hsu y colaboradores, que fue publicado en el 2016, se llevó a cabo el análisis de las comunidades de microorganismos del sistema de transporte subterráneo de Boston, para entener cómo es la dinámica de la transmisión de los microorganismos entre humanos y el ambiente interior (del metro). El objetivo general…
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Las moscas se asocian a diferentes procesos de zoonosis al ser insectos sinantropicos y se conoce bien los efectos de este grupo de insectos en el crecimiento en materia orgánica pero poco se sabe de los microorganismos asociados a ellos. Para ahondar más en este problema se caracterizó el metagenoma de 116 moscas de dos…
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