El Kumbh Mela (KM) es el evento religioso que congrega la mayor cantidad de personas en todo el mundo, es parte de la religión hindú y consiste en una peregrinación que incluye baños rituales masivos a lo largo de varios días. A este ritual acuden millones de personas, en 2013 se reportaron 120 millones de…
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El rol de los mosquitos como vectores de diferentes patógenos los hace un objetivo de estudio para entender la respuesta de su sistema inmune innato a diferentes parásitos en diferentes etapas de su desarrollo. En este trabajo los experimentos fueron realizados utilizando al parásito de la malaria aviar Plasmodium relictum y su vector natural Culex pipiens. En sus…
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Gracias a la secuenciación y anotación genómica, en la actualidad es posible conocer los genes presentes en cada organismo y en consecuencia, las posibles reacciones químicas que se pueden encontrar en el genoma. Estas reacciones, por medio de sus sustratos y productos, revelan el perfil metabolómico del organismo en cuestión y a partir de esta…
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El Desierto de Atacama es el desierto no polar más seco de la Tierra ya que tiene un precipitación media anual menor a 20 mm. En algunos sitios, la actividad de agua es menor a la mínima necesaria para sustentar actividad metabólica. Dadas estas condiciones, Schulze-Makuch y compañía decidieron determinar si este lugar puede mantener…
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Rüdiger Ortiz-Álvarez y compañía analizaron la sucesión ecológica (el cambio de las comunidades biológicas a través del tiempo) en comunidades microbianas por medio de un meta-análisis. Usando la sucesión primaria como modelo, buscaron patrones en los cambios de diversidad taxonómica y funcional en estudios en donde se tuviera información de la composición del microbioma de…
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El análisis de datos metagenómicos se basa comúnmente en la reconstrucción de fragmentos genómicos, predicción de genes y su comparación con secuencias contenidas en las bases de datos. Sin embargo, tanto el ensamblado como la búsqueda contra secuencias conocidas (anotación) es un procedimiento lento y computacionalmente costoso. En este trabajo, se propone la aplicación del…
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Los virus son un componente fundamental de las comunidades microbianas y gracias a las técnicas de secuenciación masiva ha sido posible identificarlos en muestras ambientales. Sin embargo, detectar nuevos linajes víricos es problemático ya que no cuentan con secuencias homólogas en las bases de datos de anotación. Con este problema en mente, Mauricio Barrientos y…
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Se cree que una baja disponibilidad de agua en la rizósfera puede evitar su colonización y el flujo de nutrientes. Además, los cambios fisiológicos que experimenta la planta pueden cambiar los patrones de exudado de fotosintatos. Estos fenómenos podrían estar modificando la composición del microbioma rizosférico en temporadas de secas y de lluvias. Por lo…
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Alineamiento de genomas Vamos a hacer alineamientos entre todos los genomas de las especies de Agrobacterium y tratar de determinar quienes son los más parecidos entre sí (visualmente). Para este objetivo vamos a utilizar el programa MUMmer. Consulte la publicación de MUMmer 3: Kurtz S, Phillippy A, Delcher AL, Smoot M, Shumway M, Antonescu C,…
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1. Lee el siguiente primer: http://www.cbcb.umd.edu/research/assembly_primer Explica: ¿Qué es la cobertura de secuenciación? ¿Qué utilidad tiene la ecuación Lander-Waterman? ¿Porqué se originan errores de ensamblado en regiones repetitivas? ¿Qué es un contig? ¿Qué es un scaffold? ¿Qué diferencia hay entre un ensamblador de tipo Greedy y un Overlap-layout-consensus? ¿Qué es un camino Hamiltoniano? ¿Qué es…
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Modelos ocultos de Markov Consulta el manual de HMMEr: http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf Describe las funciones relacionadas a hmmer: hmmalign hmmconvert hmmlogo hmmscan hmmstat hmmbuild hmmemit hmmpgmd hmmsearch hmmc2 hmmfetch hmmpress hmmsim Genera un modelo oculto de markov con el alineamiento generado la semana pasada (ejercicio 3) en hmmer Cuando tengas el alineamiento y el modelo oculto de…
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Zhang y compañía continúan en su búsqueda para diseñar un organismo viable que contenga pares de bases sintéticos (PBSs). Estos pares X-Y están compuestos por dNaM-d5SICS o dNaM-dTPT3, los cuales no forman puentes de hidrógeno (como los pares A-T o G-C) sino que se asocian por interacciones hidrofóbicas. En una publicación previa se reportó la…
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Wolf y compañía evaluaron un modelo de evolución genómica basándose en un conjunto de principios dados por comparaciones de genomas procariontes: 1- existe un número muy reducido de genes universales, 2- del 10 al 30% de los genes en la mayoría de los genomas microbianos son ORFan (presentes en pocas especies emparentadas), 3- los genes…
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Conocer las proteínas funcionalmente equivalentes entre dos organismos es un tema interesante tanto para la biología evolutiva como para la investigación biomédica, sin embargo esta no es una tarea trivial. Una estrategia relativamente robusta para comenzar, consiste en identificar los genes ortólogos (genes derivados de un ancestro a partir de un evento de especiación) con…
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Este artículo es la continuación de un trabajo publicado en 2010 por el mismo grupo en el cual se hace una búsqueda masiva de RNAs no codificantes con estructura. En este trabajo previo se analizaron todos los genomas de bacteria y todos los metagenomas secuenciados hasta el momento. Se buscaron regiones intergénicas conservadas y posteriormente…
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