Alineamientos múltiples Primero, quiero un control de lectura de http://132.247.90.91/bioinfo/1994_Thompson_Clustal.pdf De las familias de proteínas que encontraste en el ejercicio anterior (cd-hit o blast). 1. Identifica una familia de entre 40-50 copias en el proteoma de una especie. 2. Genera un archivo multifasta con las secuencias de proteínas de esa especie, prueba con el comando…
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http://132.247.90.91/bioinfo/paralogs.txt Vamos a usar CD-HIT hoy Descarguen la versión de cd-hit de github: https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/download/V4.6.4/cd-hit-v4.6.4-2015-0603.tar.gz #hagan esto en el directorio donde tienen sus secuencias. wget https://github.com/weizhongli/cdhit/releases/download/V4.6.4/cd-hit-v4.6.4-2015-0603.tar.gz tar xvfz cd-hit-v4.6.4-2015-0603.tar.gz perl cd-hit-v4.6.4-2015-0603/psi-cd-hit/psi-cd-hit.pl -i vitis.faa -o vitis.clstr -c 0.3 El manual de CD-HIT puede ser consultado en: http://weizhongli-lab.org/cd-hit/wiki/doku.php?id=cd-hit_user_guide Y el artículo en: Weizhong Li & Adam Godzik.…
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Revisar el siguiente artículo: Pushker, R., Mira, A., & Rodriguez-Valera, F. (2004). Comparative genomics of gene-family size in closely related bacteria. Genome Biol, 5(4), 0. Lo pueden descargar de la siguiente dirección: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC395786/pdf/gb-2004-5-4-r27.pdf Tratar de hacer la gráfica #1 del artículo usando 3 genomas/proteomas de Agrobacterium que hemos estado usando en el curso. Trata de…
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Pueden accesar aquí a las fórmulas: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1zEof8gFHER7NN0gxNJV7HHTuGht734xhmmai8B5jM_8/edit?usp=sharing *Gracias a su compañera Mirelle Flores
Vamos a determinar los ortólogos presentes entre dos especies de Agrobacterium Es una actividad por equipos (2 o 3 personas máximo). De las lecturas de BLAST y de revisar el artículo siguiente: Moreno-Hagelsieb, G., & Latimer, K. (2008). Choosing BLAST options for better detection of orthologs as reciprocal best hits. Bioinformatics (Oxford, England), 24(3), 319–24.…
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Sobre bitácoras de laboratorio Ten Simple Rules for a Computational Biologist’s Laboratory Notebook
Tienes que ver el siguiente video:
Tienen hasta el lunes 7 de septiembre (11:59 p.m.) para poder entregar la tarea.
Llena el formulario de abajo con los comandos que utilizaste y las respuestas a lo que se pide: *Lecturas para la siguiente sesión: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10195279 *Lectura del BLAST https://www.dropbox.com/s/y5imiep2ksfyks4/Problem%20solving%20handbook%20in%20computational%20biology%20and%20bioinformatics.BLAST.pdf?dl=0 *Puedes consultar los manuales y las aplicaciones disponibles en: http://emboss.sourceforge.net/apps/cvs/emboss/apps/index.html Utiliza wossname y encuentra programas que te permitan evaluar y manipular secuencias. Busca un programa dentro…
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need to fight back in other ways… The Golden Age of Antibiotics is OverWe’ve all heard about antibiotic resistant bacteria. It’s time to admit, we’re losing this war. Drug resistant superbugs like MRSA (Methicillin-resistant Straphylococcus aureus), CRE (Carbapenum-re…
Grupo 5308, 25 lugares. Profesor Luis David Alcaraz Peraza ma 14:30 a 17:30 Profesor Ángela Victoria Forero Forero vi 14:30 a 17:30 Al ser una clase teórica-práctica es requisito aprobar ambas partes. La calificación final será el promedio entre la parte teórica y el trabajo en el laboratorio. La parte teórica será evaluada así: 60%…
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Tiempo de entrega finalizado
La lista con los aceptados al curso es la siguiente: Tendremos una sesión informativa el próximo martes 4 de agosto a las 9 a.m. en el aula de cómputo del Instituto de Ecología. A los que no fueron aceptados al curso se debe a la gran demanda del curso y a limitaciones de espacio. El…
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How much DNA is out there? 5.3 × 10^31 megabases (Mb) Although, the authors didn't considered gene redundancy… An Estimate of the Total DNA in the BiosphereThe diversity of life on Earth is typically considered in terms of the total number of species. However, this essay, by estimating the total amount of DNA in the…
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