La secuenciación de alto redimiendo consta múltiples protocolos. Para cada uno de estos se han desarrollado varias metodologías, lo cual puede significar que los resultados de un estudio no puedan ser comparables con los de otro. En este paper comparan el impacto de estas metodologías en las misma data. Observan que el factor con el…
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Este artículo es la continuación de un trabajo publicado en 2010 por el mismo grupo en el cual se hace una búsqueda masiva de RNAs no codificantes con estructura. En este trabajo previo se analizaron todos los genomas de bacteria y todos los metagenomas secuenciados hasta el momento. Se buscaron regiones intergénicas conservadas y posteriormente…
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n este trabajo se prueba la inoculación de bacterias, cyanobaterias y consorcios de ambas sobre las semillas de Okra con el objetivo de evaluar si estos microorganismos pueden modificar la disponibilidad y cantidad de nutrientes en el suelo y por esta vía beneficiar a las plantas, incrementando su biomasa radicular y rendimiento. La aplicación de…
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En esta era de metagenomas resulta común usar de argumento que las características fenotípicas, como la forma, en bacterias no nos lleva muy lejos debido a que se pueden tener falsos positivos de identificación de microorganismos. En el artículo que les propongo revisar esta semana mencionan ejemplos de esto: For example, the Betaproteobacteria Rhodocyclus tenuis…
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Medicago truncatula es una leguminosa que forma nódulos para la fijación de nitrógeno al establecer simbiosis con Sinorhizobium meliloti. Para conocer el proteínas que podrían estar implicadas en la simbiosis, se utilizaron técnicas de espectrometría de masas de alta resolución, para estudiar el meristemo apical, flor, hojas, tallo, raíz y nódulos (de 10, 14 y…
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A través de sus exudados la planta recluta microorganismos del suelo, estos pueden ser una fuente de carbón o moléculas de señalizacion. Por medio de la técnica de DNA/RNA-SIP se pueden utilizar isótopos marcados para conocer los flujos de elementos (C, P o N) en la rizósfera. Por ejemplo, 13CO2 se utiliza como sustrato, es…
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Se tomaron muestras de drenaje ácido de mina de tres sitios (DBS, FK, YFS-P) dentro de la provincia de Guangdong, China. Todos los sitios se caracterizaron por valores muy bajos de pH y carbono orgánico y concentraciones altas de sulfato, hierro y metales pesados; sin embargo cada uno presentó ciertas características fisicoquímicas únicas. Se obtuvieron…
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El hierro es clave en procesos de colonización de los microorganismos, es un nutriente esencial en la vida, con múltiples usos en la célula desde cofactor hasta el transporte de electrones. Además, tiene roles en la patogénesis y virulencia. En las interacciones entre hospedero y sus microbios en la mayoría de las ocasiones existe competencia…
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Este estudio publicado en enero de 2016, por primera vez demuestran la existencia de reloj biológico en procariota fuera del filum Cyanobacteria. Para esto aislaron Enterobacter aerogenes (E.a), un comensal de la microbiota intestinal y lo cultivan a diferentes concentraciones de melatonina, observando que su mejor crecimiento está en concentraciones similares a las del intestino…
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Fusarium gramineareum es un hongo patógeno de varias especies de gramíneas como el maíz y el trigo. En este trabajo se estudia el caso del cereal conocido como mijo africano (Eleusine coracana), el cual establece simbiosis con un endófito de raíz del genero Enterobacter (nombrado M6) que le confiere resistencia contra Fisarium. El mecanismo de…
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En este trabajo analizan la comunidad de bacterias del suelo en diferentes edades sucesionales, caracterizan la actividad metabólica y la riqueza de la comunidad, además de el «índice de oportunismo». Encuentran una tendencia bifásica en la actividad de las comunidades, un aumento en la riqueza y disminución de la dominancia conforme aumenta la edad sucesional,…
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Existen virus específicos para cada uno de los tres dominios: eucariontes, bacterias y archea. El presente estudio sugiere que los virus de bacterias intracelulares obligadas que infectan eucariontes pueden promover transferencias de DNA entre eucariontes y bacteriófagos. Bordenstein y Bordenstein hicieron un analisis metagenómicos de varias cepas del fago WO que infecta Wolbachia. Esta bacteria…
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En este trabajo se analizaron las comunidades microbianas a través del perfil (0-60 cm de profundidad) de jales mineros, haciendo una comparación entre el jal sin vegetación y dos plantas creciendo en el jal, Imperata cylindrica y Chrysopogon zizanioides. El objetivo era analizar el impacto que tiene la vegetación en las propiedades fisicoquímicas del jal…
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El premio Nobel de fisiología-medicina (2016) fue otorgado a Yoshinori Oshumi por sus descubrimientos en la Autofagia. En el artículo de revisión que les propongo esta semana se define a la autofagia como la vía celular que entrega proteínas citoplásmicas y organelos a los lisozomas para su degradación. Que siempre sucede a una tasa basal,…
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Los autores probaron la hipótesis de que la sequía tiene un efecto limitante en la diversidad taxonómica de las comunidades bacterianas asociadas a los compartimentos rizosféricos de plantas que crecen en climas semiáridos. Para ello, Taketani y compañía analizaron las rizosferas de dos plantas: Mimosa tenuiflora y Piptadenia stipulacea en cinco sitios del noreste de…
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