Categoría: journal club

Zhang y compañía continúan en su búsqueda para diseñar un organismo viable que contenga pares de bases sintéticos (PBSs). Estos pares X-Y están compuestos por dNaM-d5SICS o  dNaM-dTPT3, los cuales no forman puentes de hidrógeno (como los pares A-T o G-C) sino que se asocian por interacciones hidrofóbicas. En una publicación previa se reportó la…
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Este trabajo muestra la amplia distribución del sistema de secreción tipo 6 (T6SS) en diferentes especies y cepas de Pseudomonas. Este sistema es encargado de inyectar efectores tóxicos en células blanco. Al analizar el genoma de la cepa KT2440, se encontró que contiene tres clusters de T6SS; uno de los cuales es responsable de la…
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Las bacterias cuentan con un sistema inmune en contra de DNA exógeno; CRISPR-Cas. En este trabajo se observó que los procesos de quorum sensing están involucrados en la respuesta de CRISPR-Cas. Al encontrarse en alta densidad celular y fase exponencial, P. aeruginosa muestra el nivel de expresión mas alto de cas3, lo cual promueve la…
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Wolf y compañía evaluaron un modelo de evolución genómica basándose en un conjunto de principios dados por comparaciones de genomas procariontes: 1- existe un número muy reducido de genes universales, 2- del 10 al 30% de los genes en la mayoría de los genomas microbianos son ORFan (presentes en pocas especies emparentadas), 3- los genes…
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Hospederos de un mismo grupo taxonómico comparten características que pueden determinar la selección de microorganismos asociados al condicionar las propiedades como la superficie de colonización, disponibilidad de carbono y fuentes de energía o la exposición a mecanismos de defensa y  metabolitos secundarios. La hipótesis de este trabajo es que la historia evolutiva de hospederos puede…
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La identificación de los genes originados por especiación, conocidos como genes ortólogos, es una pregunta central en biología evolutiva. La teoría dice que la retención de funciones ancestrales es más probable entre genes ortólogos que entre parálogos. En este artículo, Huerta-Cepas et al. Describen una herramienta que utiliza la base de datos de ortólogos ‘eggNOG’…
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Este trabajo utiliza experimentos de microcosmos y de jardín común para analizar el efecto que tienen las comunidades previamente establecidas en un hospedero ante la llegada de un patógeno. Con éste fin, se utilizaron cinco bacterias del género Ralstonia sin capacidad infectiva, establecidas en placas microtituladoras y raíz de tomate, que posteriormente fueron sujetas a…
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Conocer las proteínas funcionalmente equivalentes entre dos organismos es un tema interesante tanto para la biología evolutiva como para la investigación biomédica, sin embargo esta no es una tarea trivial. Una estrategia relativamente robusta para comenzar, consiste en identificar los genes ortólogos (genes derivados de un ancestro a partir de un evento de especiación) con…
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El Selenio (Se) se utiliza como micronutriente en muchos organismos, en pequeñas dosis, se conoce su papel en la homeostasis redox. Se utiliza inclusive cómo agente preventivo en quimioterapias. Hay tres formas biológicas de Se: Selenocisteina (Sec); 5 metilaminometil 2-selenouridina (mnm5SE2U o SeU) y; en forma de cofactor (Se-cofactor) utilizado en enzimas de procariontes que…
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Con el objetivo de estudiar el potencial de las bacterias para colonizar ambientes diferentes al propio, se tomaron inóculos de diversas fuentes (intestinos humanos, de pez cebra y termita; piel y lengua humana; tapetes microbianos y suelo), y se introdujeron mediante la dieta en intestinos de ratón libres de gérmenes. El experimento, que se llevó…
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La secuenciación de alto redimiendo consta múltiples protocolos. Para cada uno de estos se han desarrollado varias metodologías, lo cual puede significar que los resultados de un estudio no puedan ser comparables con los de otro. En este paper comparan el impacto de estas metodologías en las misma data. Observan que el factor con el…
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Este artículo es la continuación de un trabajo publicado en 2010 por el mismo grupo en el cual se hace una búsqueda masiva de RNAs no codificantes con estructura. En este trabajo previo se analizaron todos los genomas de bacteria y todos los metagenomas secuenciados hasta el momento. Se buscaron regiones intergénicas conservadas y posteriormente…
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n este trabajo se prueba la inoculación de bacterias, cyanobaterias y consorcios de ambas sobre las semillas de Okra con el objetivo de evaluar si estos microorganismos pueden modificar la disponibilidad y cantidad de nutrientes en el suelo y por esta vía beneficiar a las plantas, incrementando su biomasa radicular y rendimiento. La aplicación de…
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