Categoría: journal club

Variación en la preferencia del huésped por el mosquito de la malaria es mediada por los compuestos volátiles de las bacterias de la piel

Diferentes mosquitos tienen diferentes preferencias por huésped lo cual afecta la eficiencia en la transmisión de diferentes patógenos del humano como lo puede ser la malaria transmitida por Plasmodium. Aunque es conocido que la detección de CO2 es uno de los principales factores de atracción de los mosquitos hacia los huéspedes se ha identificado que…
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Cambios en las comunidades virales relacionados con el nivel de profundidad de drenajes de minas de azufre en China

Los virus se encuentran de forma abundante en las comunidades microbianas ambientales, influyen en la ecología, evolución y fisiología del huésped al causar su mortalidad, facilitar la transferencia horizontal de genes e influir en los ciclos biogeo-químicos a través de la producción de materia orgánica que se disuelve durante la lisis celular o bien, participan…
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La red global de plásmidos en bacterias y arqueas

Los plásmidos son cromosomas accesorios del genoma bacteriano que pueden ser determinantes en el fenotipo bacteriano y ser transferidos horizontalmente. Estas transferencias de plásmidos ocurren primordialmente durante la conjugación bacteriana, en donde una bacteria forma un pili y transfiere información genética a otra bacteria compatible. Aunque este mecanismo de transferencia horizontal de genes (HGT, por…
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Interdependencia metabólica de una interacción simbiótica

Muchas bacterias endosimbiontes están asociadas a insectos con dietas limitadas y son esenciales para su permanencia en sus nichos ecológicos. Este es el caso de Buchnera sp., una bacteria intracelular simbiótica obligada que sustenta la fisiología de los áfidos al complementar su dieta exclusiva de savia de floema. A este género de bacterias las encontramos…
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Protistas. Aliados menospreciados en el microbioma de las plantas

El microbioma rizosférico está involucrado en la supresión de patógenos, entre otras funciones. La mayor parte de los estudios de este tipo de comunidades microbianas se centran en el análisis de bacterias y hongos que puedan conferir resistencia ante microorganismos que causen enfermedad en las plantas. Sin embargo, otros microorganismos, como los protistas, tienen la…
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Integración de redes para identificar respuestas metabólicas clave de microbiomas de suelos perturbados

El método MEMPIS permite identificar genes y reacciones metabólicas específicas a ciertas condiciones mediante la incorporación de perfiles metabólicos y de expresión de genes. Sin embargo, no permite establecer las conexiones entre los genes específicos de ciertas  condiciones (GEC) y otros genes, así como el papel que juegan en la respuesta del microbioma que se…
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El efecto rizosférico causado por diversas especies de plantas

El cambio en la composición de las comunidades microbianas que ocurre en el suelo respecto a la rizósfera y la endósfera de raíz, se conoce como efecto rizósferico. Debido a que algunas plantas presentan ciclos de vida más largo que otras, se cree que dichas diferencias podrían impactar en el efecto rizosférico, teorizándose que éste…
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Secuenciación de siguiente generación revela relación entre el microbioma larvario y substrato alimenticio en la mosca de la fruta polífaga de Queensland

Bactrocera tryoni (mosca de la fruta de Queensland) es una mosca tefrítida distribuida por toda la costa de Australia y una plaga molesta de muchos tipos de cultivos de fruta. ya que se conocía que la composición bacteriana de estas moscas en de enterobacterias en estudios dependientes de cultivo. Los autores tratan de comprender con…
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Efectos de la contaminación por Zinc sobre microbioma de raíz del álamo N12, tolerante a metales

La contaminación por metales pesados (MP) cada vez aumenta más debido a las actividades humanas. Los MP, no se degradan por lo que tienden a persistir en el ambiente por largo tiempo. EL Zinc (Zn) es un MP que puede resultar fitotóxico si se encuentra en grandes cantidades en el suelo. Aunque existen plantas que…
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En busca del análisis de abundancia diferencial más adecuado para microbiomas

El análsis de comunidades microbianas por secuenciación masiva ya sea por amplificación del gen de rRNA 16S o por secuenciación de metagenoma total implica muchas veces buscar genes o taxa con abundancia diferencial bajo ciertas condiciones. Estas comparaciones frecuentemente se hacen usando herramientas diseñadas para analizar datos de conteos como transcriptomas obtenidos por RNAseq. Recientemente…
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Efecto de la planta y su microbioma de rizósfera para reducir la herbivoría por insectos

El genotipo de la planta es capaz de regular la resistencia a insectos herbívoros alterando la acumulación de metabolitos primarios y secundarios. Por ejemplo, los glucosinolatos (GLS) son metabolitos secundarios que impiden que los insectos continúen alimentándose de las hojas de la planta. A pesar de que se conoce el efecto del genotipo de la…
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Maduración del microbioma supresor de patógenos durante el desarrollo de plantas

El microbioma de las plantas se encuentra relacionado a su estado de salud mediante efectos directos o indirectos. La supresión de patógenos es uno de los mecanismos por los cuales se mejora el estado de salud de las plantas.  La mayoría de los estudios de microbiomas buscando a microorganismos supresores se han centrado en el…
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Respuesta biológica de comunidades bacterianas de aguas superficiales a la deposición de polvo del desierto del Sahara

El polvo transportado atmosféricamente desde el desierto del Sahara proporciona pulsos de nutrientes que son biológicamente indsipensables y que se depositan en las aguas superficiales de los océanos. La respuesta biológica a estos eventos efímeros no ha sido profundamente explorada, es por ello que en este trabajo desarrollado por Westrich y colaboradores decidieron examinar el…
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El efecto de la sequía y la influencia de las plantas en la estructuración de la microbiota del suelo

Uno de los problemas más frecuentes por los que pasan los seres vivos que habitan en el suelo, es el estrés hídrico, cuyos efectos en la microbiota no son del todo comprendidos. Por este motivo, los autores del presente trabajo estudiaron la microbiota del suelo de bosque de encino (Quercus ilex), en un diseño experimental…
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Recuperando genomas de baja abundancia con ensamblados metagenómicos masivos

Gran parte de los organismos que componen una comunidad microbiana se encuentran en baja abundancia. En la mayoría de los análisis por secuenciación metagenómica, los fragmentos genómicos que se logran armar pertenecen a los organismos dominantes, mientras que las secuencias de los organismos de baja abundancia son escasas. Una forma de recuperar contigs de estos…
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