El trabajo final debe tener una extensión máxima de 10 cuartillas. El formato de entrega es como un proyecto de investigación. Se sugiere que se incluyan los siguientes puntos: Antecedentes Hipótesis Objetivo general y específicos Metodología Presupuesto global (consideralo ilimitado) Bibliografía En los antecedentes del proyecto incluyan todo avance análitico que tengan de su propuesta…
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Los pueden encontrar en la siguiente dirección: http://web.ecologia.unam.mx/laboratorios/genomica/biotech/articulos_curso/
Cuenta Parcial 2 105001500 9.52 309101787 9.05 309013536 6.9 309029249 np 308185676 3.57 310597564 9.76 306001712 5.95 307077378 6.19 411042929 5.71 309126960 10 309220233 8.1 306699827 9.05 303058834 np 309167732 np 304105371 5.24 309168650 6.9 309177319 7.14 309571047 8.57 308115273 np 308200760 9.05 309208659 3.57 309227081 4.76 309329082 6.67 308149517 3.1 307292074 9.05 410045381 6.19
En Brasil se van a liberar mosquitos transgénicos para combatir el dengue. Lee la siguiente nota completa: http://sociedad.elpais.com/sociedad/2014/04/27/actualidad/1398621840_044945.html En el siguiente esquema se trata de explicar la forma en la que funcionan. 1. Consigue información arbitrada y publicada del tema, al menos 3 publicaciones. Utiliza los siguientes servidores para hacerlo: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed http://scholar.google.com.mx/ *Pista, uno de…
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Repaso para el examen, puede ser entregado hasta el lunes 28 de abril: Haciendo una biblioteca de cDNAs clonas los fragmentos de cDNA hacia un sitio único de restricción EcoRI en el vector. Identificas el vector recombinante que consideras que tiene el gen de interès. 1. ¿Cómo puedes usar el sitio de restricción EcoRI…
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Hola hace un tiempo hice este post para tener idea de como manipular y hacer heatmaps: http://ldalcaraz.blogspot.mx/2012/07/como-hacer-un-heatmap-y-extraer.html#.U0bfpaYjuIC Pienso que les puede ser de utilidad…
La tarea la puedes descargar de la siguiente liga: https://copy.com/JoAZWANb649q Las respuestas se reciben como comentarios en esta entrada. La fecha límite de entrega es el miércoles 26 de marzo, antes de la clase.
Para la sesión de hoy no se garantizan los resultados si no se esta usando bio-linux, por los programas que hay que instalar y sus dependencias. Prerequisitos: fastx toolkit http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html velvet https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/ glimmer3 http://ccb.jhu.edu/software/glimmer/index.shtml Artemis https://www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/ (Que puede ejecutarse desde la web, en este link, se necesita Java: https://www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/java/artemis.jnlp ) Ensamblando y verificación de calidad…
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Por favor, observa los siguientes videos: Ahora, escribe un breve ensayo (máximo 1 cuartilla), en el que resumas que se hizo para generar a la bacteria sintética. Si necesitas información extra puedes revisar los siguientes vínculos: http://en.wikipedia.org/wiki/Mycoplasma_laboratorium La noticia en la revista Science: http://www.sciencemag.org/content/328/5981/958.full El artículo de investigación en Science: http://www.sciencemag.org/content/329/5987/52 Además de la cuartilla…
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El ejercicio resuelto (negritas) se pone como comentario en esta entrada, se evaluará. 1. Haz una carpeta nueva que se llame gene_prediction 2. Coloca un enlace simbólico del genoma de Bacillus subtilis, de la carpeta donde viva a gene_prediction ln -s /home/biolinux/NC_000964.fna /home/biolinux/gene_prediction/subtilis.fna 3. Escribe ls -lh y ¿qué te dice el nuevo archivo subtilis.fna?…
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Vamos a revisar este par de artículos, que Jorge nos hará el favor de presentar: 1. Bulgarelli, D. et al. Revealing structure and assembly cues for Arabidopsis root-inhabiting bacterial microbiota. Nature 488, 91–5 (2012). 2. Lundberg, D. S. et al. Defining the core Arabidopsis thaliana root microbiome. Nature 488, 86–90 (2012). Se pueden descargar de…
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Hoy revisamos el examen en clase, por mientras las calificaciones: Cuenta Parcial 1 105001500 7.14 309101787 7.86 309013536 7.14 309029249 NP 308185676 8.93 310597564 10 306001712 3.21 307077378 8.21 411042929 7.5 309126960 8.93 309220233 10 306699827 7.86 303058834 8.57 309167732 NP 304105371 5.71 309168650 5.36 309177319 7.86 309571047 9.29 308115273 5 308200760 6.43 309208659…
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Hay que leer este par de artículos para el martes: What is a hidden Markov model? Nature Biotechnology 22, 1315 – 1316 (2004) doi:10.1038/nbt1004-1315 http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n10/pdf/nbt1004-1315.pdf A.L. Delcher, K.A. Bratke, E.C. Powers, and S.L. Salzberg. Identifying bacterial genes and endosymbiont DNA with Glimmer, Bioinformatics 23:6 (2007), 673-679. http://ccb.jhu.edu/papers/glimmer3.pdf
1. A partir del ejercicio anterior, en el archivo .ptt con la ayuda de grep identifica a todos los genes anotados como transportador ABC (ABC transporter). 2. Utilizando el comando seqret, de emboss encuentra la forma de hacer un archivo multifasta con todos los transportadores ABC del genoma predicho. Pistas, se utilizan las coordenadas de…
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1. Entra a la carpeta con nombre Bacillus subtilis 168 uid57675 en el sitio ftp siguiente: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/ 2. Descarga los archivos gbk ptt ffn frn fna desde la terminal con el comando wget, si necesitas ayuda sobre wget teclea: wget –help 3. Explora los archivos desde la terminal con cat, less / more, ¿Qué contienen…
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