En este trabajo, se reportan los avances en la nueva versión de PhyloPhlAn, con la cual es posible comparar genomas estrechamente emparentados o bien miles de genomas de phyla distintos de forma eficiente. Esto se logra gracias a la incorporación de información como los 87,173 genomas de referencia y los 154,723 genomas ensamblados a partir…
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Las asociaciones ente bacterias y plantas producen un sinfín de metabolitos, incluyendo compuestos orgánicos volátiles (VOCs). Estos son moléculas de bajo peso molecular con una presión de vapor muy alta que pueden dispersarse a través de la matriz del suelo, facilitando las interacciones a larga distancia de las plantas con los microorganismos sin necesidad de…
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La relación planta-patógeno es un ejemplo más donde la concentración y la disponibilidad de los metales de transición son de gran importancia. De manera general, el fitopatógeno que invade una célula huésped puede alterar el proceso de metabolismo y adquisición de estos micronutrientes de la planta, haciéndola susceptible a la infección. En respuesta, el huésped…
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Las interacciones entre plantas y patógenos pueden ser moduladas mediante la inducción del sistema inmune innato de la plantas o vía la supresión de los patógenos por miembros de la comunidad microbiana del suelo. La supresión de los patógenos es una característica que ha sido observada en algunos suelos manejados bajo monocultivo y dicha característica…
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Alhagi sparsifolia es una especie de plantas fabáceas que habita en los desiertos y resiste a las condiciones de sequía, por lo que resulta un candidato para la obtención de simbiontes microbianos que favorezcan la resistencia al estrés hídrico. Para explorar su diversidad microbiana se secuenciaron amplicones de la región V3-V4 del gen 16S rRNA.…
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Lo que actualmente se sabe respecto a las respuesta ante estrés por sombra se ha obtenido a través de estudios de plantas dejando de lado la contribución del suelo y sus componentes. Actualmente se utiliza una combinación de árboles, arbustos y césped para las áreas verdes urbanas, lo que resulta en un incremento en las…
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La rizósfera, que comprende el área del suelo que rodea a las raíces de las plantas, representa un punto de interacción entre plantas y microorganimos que ha sido moldeado por millones de años de co-evolución. En ésta estrecha relación entre plantas y microorganismos participan los exudados de raíz, sustancias liberadas por las plantas hacia la…
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Los jales mineros abandonados representan un sustrato considerado tóxico ya que contienen contaminantes como arsénico o sales ricas en metales pesados. A pesar de esto, se ha observado que algunas plantas son capaces de crecer en estos ambientes, lo cual representa un caso de sucesión primaria. Estas plantas mejoran la estructura del suelo y su…
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Los xilanos son el segundo grupo más abundante de polisacáridos en la naturaleza, forman parte de la pared celular de las plantas. Las enzimas xilanasas, catalizan la ruptura de los xilanos. Estas enzimas se encuentran presentes en bacterias, plantas e insectos. Además, se ha encontrado que existen otras enzimas como las glicósido hidrolasas (GH) que…
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Un problema grave en la agricultura es la infección por patógenos del suelo. Se sabe que distintos microorganismos presentes en los microbiomas de las plantas pueden conferir un efecto de protección contra algunos de estos agentes mediante la correlación de la estructura del microbioma con el estado de salud de las plantas o al probar…
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Los primeros trabajos de metagenómica enfocados a estructura y función de comunidades microbianas de distintos ambientes dieron indicios del potencial de esta tecnología para detectar genes funcionales, interacciones y filotipos que no habían sido descritos. Sin embargo, con el paso del tiempo se han identificado desventajas, entre las que se encuentran la escasez y estandarización…
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El hierro es un micronutriente poco disponible en el ambiente pelágico, ya que la mayor parte de este elemento en el agua de mar está fuertemente unido por ligandos orgánicos o secuestrado por óxidos minerales. Es por ello que se han realizado diferentes investigaciones acerca de las capacidades de adquisición de hierrro de las bacterias…
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La heterogeneidad espacial del suelo puede generar diferencias en el microbioma del mismo dependiendo del micronicho analizado, como el suelo circundante, la rizosfera, o detritosfera debido a sus propiedades fisicoquímicas particulares generadas por la presencia o ausencia de raíces de plantas así como el estado fisiológico de las mismas. Los suelos con labranza y sin…
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La base de datos de taxonomía genómica (GTDB, por sus siglas en inglés) es un esfuerzo de clasificación taxonómica para más de 150,000 organismos de los dominios Bacteria y Archaea (incluyendo genomas de oganismos no cultivables ensamblados a partir de secuencias metagenómicas). Este sistema se basa en las relaciones filogenéticas de las secuencias genómicas de…
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Considerando las problemáticas generadas por el cambio climático, la degradación de los ecosistemas y la creciente de manda de alimentos, los autores del presente trabajo sugieren una serie de metodologías que prodían resultar en el mejoramiento de los cultivos por medio de la selección de la microbiota asociada a las plantas. Esta selección de comunidades…
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