Los virus son un componente fundamental de las comunidades microbianas y gracias a las técnicas de secuenciación masiva ha sido posible identificarlos en muestras ambientales. Sin embargo, detectar nuevos linajes víricos es problemático ya que no cuentan con secuencias homólogas en las bases de datos de anotación. Con este problema en mente, Mauricio Barrientos y…
Leer más
Estimados, Por aquí van a tener que revisar y contestar casi todas las actividades del semestre. En esta ocasión les pido que hagan un control de lectura (máximo 1 cuartilla) de las siguientes páginas web: http://elcomidista.elpais.com/elcomidista/2016/08/31/articulo/1472625105_953819.html http://elcomidista.elpais.com/elcomidista/2014/01/30/articulo/1391061600_139106.html Las entradas del curso pueden ser revisadas bajo la etiqueta: https://genomica.fciencias.unam.mx/?cat=129 Que se encuentra en la…
Leer más
Una de las novedades que implicó el uso de la secuenciación masiva en ecología microbiana fue que comenzamos a descubrir poblaciones microbianas que de otra forma no tendríamos forma de conocer. En esta revisión Michael Lynch y Josh Neufeld hacen una revisión de los métodos experimentales y como ha cambiado nuestra percepción de la diversidad…
Leer más
La hidroponia es un método de cultivo útil en el estudio de las raíces ya que permite su observación, crecimiento sin impedimentos mecánicos, control preciso de nutrientes y fácil manipulación. En este artículo los autores desarrollaron una técnica de hidroponia que permite estudiar las interacciones planta-bacteria. La técnica es muy sencilla, consiste en una malla…
Leer más
Por medio del gen 16S rRNA se analiza la diversidad de bacterias asociadas a muestras de zapatos y de teléfonos. Al comparar los resultados de las muestras de zapatos y teléfonos entre dos personas, se puede distinguir claramente entre las muestras pertenecientes a cada una de las personas, agrupadas por el objeto de procedencia (suelo…
Leer más
Desde que se llevó a cabo el Proyecto del Microbioma Humano (HMP, por sus siglas en inglés), se supo que había determinados microorganismos que, por lo general, se hallaban presentes en los humanos. Posteriormente, diversos estudios han demostrado que particularmente, puede haber microorganismos específicos asociados a cada persona, lo que engloba el concepto de “Personal…
Leer más
Este trabajo se centra en la posibilidad de la restauración de ecosistemas perturbados por la actividad humana, particularmente tierras de cultivo, utilizando inóculos de suelo. Existen evidencias de la relación entre la comunidad residente en distintos suelos con el tipo de cobertura vegetal presente en ellos. Con base en ese conocimiento, los autores llevan a…
Leer más
Desde hace años se ha reportado asociaciones del microbioma intestinal y el cebrero, por ejemplo, su influencia en el estado de ánimo, en el autismo, en el control del apetito, etc. Sin embargo, el fuerte vinculo de la dieta como principal moldeador del microbioma humano ha permanecido como un factor de confusión. En este trabajo…
Leer más
El Sistema de Transporte Colectivo Metro de la Ciudad de México es uno de los subterráneos más grandes del mundo y que es utilizado por gran proporción de la población urbana. ¡Se estima que aproximadamente al día 4 millones de personas usan este medio de transporte! Y como sabemos, existen microorganismos que se encuentran asociados…
Leer más
Se cree que una baja disponibilidad de agua en la rizósfera puede evitar su colonización y el flujo de nutrientes. Además, los cambios fisiológicos que experimenta la planta pueden cambiar los patrones de exudado de fotosintatos. Estos fenómenos podrían estar modificando la composición del microbioma rizosférico en temporadas de secas y de lluvias. Por lo…
Leer más
Hace tiempo que me gustaría tener uno de estos aparatejos. En la carrera de secuenciación masiva de DNA la secuenciación mediante nanoporos ha sido un anhelo, comenzó casi como mito y anunciado con mucha premura, luego lo hicieron disponible a centros de secuenciación establecidos y ahora está a la venta libre. Los nanoporos son una…
Leer más
Conocemos que diferentes propiedades edáficas del suelo, como el pH o el contenido y disponibilidad de nutrientes son responsables de los patrones de diversidad taxonómica en sus comunidades bacterianas. Los autores de este trabajo evalúan el impacto de distintos factores edáficos en la diversidad metabólica de las comunidades bacterianas de suelos sobre un gradiente de…
Leer más
En este artículo los autores proponen una técnica por extracción total de RNA para detectar y cuantificar miembros de una comunidad microbiana. A diferencia del uso de metagenomas, amplicones de 16S rRNA e ITS esta técnica promete identificar al mismo tiempo y de forma más eficiente bacterias y hongos que se encuentren en las muestras.…
Leer más
Con la finalidad de conocer las implicaciones ecológicas y evolutivas del microbioma de las plantas, se estudiaron 30 especies pertenecientes a seis familias del grupo de las angiospermas. La caracterización se realizó por medio del gen 16S del RNA ribosomal a nivel de endósfera y rizósfera. Estos análisis permitieron determinar que la similitud de las…
Leer más
