Actualización calificaciones Biotecnología
En los próximos días estarán disponibles las calificaciones de tareas
Combinando buscadores de ortólogos con aprendizaje automático
Conocer las proteínas funcionalmente equivalentes entre dos organismos es un tema interesante tanto para la biología evolutiva como para la investigación biomédica, sin embargo esta no es una tarea trivial. Una estrategia relativamente robusta para comenzar, consiste en identificar los genes ortólogos (genes derivados de un ancestro a partir de un evento de especiación) con…
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Utilizando metales en bacterias: selenio
El Selenio (Se) se utiliza como micronutriente en muchos organismos, en pequeñas dosis, se conoce su papel en la homeostasis redox. Se utiliza inclusive cómo agente preventivo en quimioterapias. Hay tres formas biológicas de Se: Selenocisteina (Sec); 5 metilaminometil 2-selenouridina (mnm5SE2U o SeU) y; en forma de cofactor (Se-cofactor) utilizado en enzimas de procariontes que…
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Colonización artificial del intestino de ratón
Con el objetivo de estudiar el potencial de las bacterias para colonizar ambientes diferentes al propio, se tomaron inóculos de diversas fuentes (intestinos humanos, de pez cebra y termita; piel y lengua humana; tapetes microbianos y suelo), y se introdujeron mediante la dieta en intestinos de ratón libres de gérmenes. El experimento, que se llevó…
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Comparando manzanas y naranjas? Secuenciación de alto rendimiento y su impacto en los análisis de microbioma
La secuenciación de alto redimiendo consta múltiples protocolos. Para cada uno de estos se han desarrollado varias metodologías, lo cual puede significar que los resultados de un estudio no puedan ser comparables con los de otro. En este paper comparan el impacto de estas metodologías en las misma data. Observan que el factor con el…
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CRISPR (edición genómica) ¿Cualquiera puede hacerlo?
Un reportero de Science trata de hacer CRISPR, ya que alguien le había dicho que cualquier idiota podía. Los resultados dan risa. La nota completa El video:
Riboswitches regulados por metales pesados específicos
Este artículo es la continuación de un trabajo publicado en 2010 por el mismo grupo en el cual se hace una búsqueda masiva de RNAs no codificantes con estructura. En este trabajo previo se analizaron todos los genomas de bacteria y todos los metagenomas secuenciados hasta el momento. Se buscaron regiones intergénicas conservadas y posteriormente…
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Quorum sensing (Comunicación en bacterias) explicado fácil
Revisen este video donde Bonnie Bassler explica de forma sencilla la comunicación y coordinación entre bacterias, el quorum sensing
Mejoramiento de las condiciones nutricionales del suelo por acción sinérgica de bacterias y cyanobacterias
n este trabajo se prueba la inoculación de bacterias, cyanobaterias y consorcios de ambas sobre las semillas de Okra con el objetivo de evaluar si estos microorganismos pueden modificar la disponibilidad y cantidad de nutrientes en el suelo y por esta vía beneficiar a las plantas, incrementando su biomasa radicular y rendimiento. La aplicación de…
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Morfología de bacterias en la era metagenómica
En esta era de metagenomas resulta común usar de argumento que las características fenotípicas, como la forma, en bacterias no nos lleva muy lejos debido a que se pueden tener falsos positivos de identificación de microorganismos. En el artículo que les propongo revisar esta semana mencionan ejemplos de esto: For example, the Betaproteobacteria Rhodocyclus tenuis…
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Proteómica en el estudio de la interacción entre una planta y su simbionte
Medicago truncatula es una leguminosa que forma nódulos para la fijación de nitrógeno al establecer simbiosis con Sinorhizobium meliloti. Para conocer el proteínas que podrían estar implicadas en la simbiosis, se utilizaron técnicas de espectrometría de masas de alta resolución, para estudiar el meristemo apical, flor, hojas, tallo, raíz y nódulos (de 10, 14 y…
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IL-22 ayuda a S. typhimurium a colonizar el intestino
La interleucina 22 (IL-22) es importante para la regeneración del tejido y el mantenimiento de la piel y la barrera mucosa (intestino). Una de las funciones de IL-22 es el secuestro del sideróforo enteroquelina (por el péptido lipocalina-2), zinc y/o manganeso (por la proteína quelante calprotectina); esto evita el crecimiento de microorganismos patógenos en la…
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El papel de los sideróforos en el metaloma de Pseudomonas aeruginosa
El objetivo de este articulo fue obtenet el contenido de metales totales, o metaloma, de Pseudomonas aeruginosa PAO1 para observar las diferencias en el mismo en medios de crecimiento ricos en nutrientes (LB) y restringidos de nutrientes (medio de succinato y CCA). Esta cepa produce dos sideróforos (principalmente), piroverdina (PVD) y pioquelina (PCH). Debido a…
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DNA/RNA-SIP para analizar los flujos de nutrientes en comunidades de microorganismos.
A través de sus exudados la planta recluta microorganismos del suelo, estos pueden ser una fuente de carbón o moléculas de señalizacion. Por medio de la técnica de DNA/RNA-SIP se pueden utilizar isótopos marcados para conocer los flujos de elementos (C, P o N) en la rizósfera. Por ejemplo, 13CO2 se utiliza como sustrato, es…
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