La identificación de los genes originados por especiación, conocidos como genes ortólogos, es una pregunta central en biología evolutiva. La teoría dice que la retención de funciones ancestrales es más probable entre genes ortólogos que entre parálogos. En este artículo, Huerta-Cepas et al. Describen una herramienta que utiliza la base de datos de ortólogos ‘eggNOG’…
Leer más
Este trabajo utiliza experimentos de microcosmos y de jardín común para analizar el efecto que tienen las comunidades previamente establecidas en un hospedero ante la llegada de un patógeno. Con éste fin, se utilizaron cinco bacterias del género Ralstonia sin capacidad infectiva, establecidas en placas microtituladoras y raíz de tomate, que posteriormente fueron sujetas a…
Leer más
En los próximos días estarán disponibles las calificaciones de tareas
Conocer las proteínas funcionalmente equivalentes entre dos organismos es un tema interesante tanto para la biología evolutiva como para la investigación biomédica, sin embargo esta no es una tarea trivial. Una estrategia relativamente robusta para comenzar, consiste en identificar los genes ortólogos (genes derivados de un ancestro a partir de un evento de especiación) con…
Leer más
El Selenio (Se) se utiliza como micronutriente en muchos organismos, en pequeñas dosis, se conoce su papel en la homeostasis redox. Se utiliza inclusive cómo agente preventivo en quimioterapias. Hay tres formas biológicas de Se: Selenocisteina (Sec); 5 metilaminometil 2-selenouridina (mnm5SE2U o SeU) y; en forma de cofactor (Se-cofactor) utilizado en enzimas de procariontes que…
Leer más
Con el objetivo de estudiar el potencial de las bacterias para colonizar ambientes diferentes al propio, se tomaron inóculos de diversas fuentes (intestinos humanos, de pez cebra y termita; piel y lengua humana; tapetes microbianos y suelo), y se introdujeron mediante la dieta en intestinos de ratón libres de gérmenes. El experimento, que se llevó…
Leer más
La secuenciación de alto redimiendo consta múltiples protocolos. Para cada uno de estos se han desarrollado varias metodologías, lo cual puede significar que los resultados de un estudio no puedan ser comparables con los de otro. En este paper comparan el impacto de estas metodologías en las misma data. Observan que el factor con el…
Leer más
Un reportero de Science trata de hacer CRISPR, ya que alguien le había dicho que cualquier idiota podía. Los resultados dan risa. La nota completa El video:
Este artículo es la continuación de un trabajo publicado en 2010 por el mismo grupo en el cual se hace una búsqueda masiva de RNAs no codificantes con estructura. En este trabajo previo se analizaron todos los genomas de bacteria y todos los metagenomas secuenciados hasta el momento. Se buscaron regiones intergénicas conservadas y posteriormente…
Leer más
Revisen este video donde Bonnie Bassler explica de forma sencilla la comunicación y coordinación entre bacterias, el quorum sensing
n este trabajo se prueba la inoculación de bacterias, cyanobaterias y consorcios de ambas sobre las semillas de Okra con el objetivo de evaluar si estos microorganismos pueden modificar la disponibilidad y cantidad de nutrientes en el suelo y por esta vía beneficiar a las plantas, incrementando su biomasa radicular y rendimiento. La aplicación de…
Leer más
En esta era de metagenomas resulta común usar de argumento que las características fenotípicas, como la forma, en bacterias no nos lleva muy lejos debido a que se pueden tener falsos positivos de identificación de microorganismos. En el artículo que les propongo revisar esta semana mencionan ejemplos de esto: For example, the Betaproteobacteria Rhodocyclus tenuis…
Leer más
Medicago truncatula es una leguminosa que forma nódulos para la fijación de nitrógeno al establecer simbiosis con Sinorhizobium meliloti. Para conocer el proteínas que podrían estar implicadas en la simbiosis, se utilizaron técnicas de espectrometría de masas de alta resolución, para estudiar el meristemo apical, flor, hojas, tallo, raíz y nódulos (de 10, 14 y…
Leer más
