El estudio de la enfermedad acne vulgaris (conocida como acné) podría servir como un modelo de enfermedad para estudiar las interacciones entre el huésped y la microbiota de la piel. Kang y colaboradores sugieren este modelo debido a que la piel presenta una baja densidad microbiana, se logran identificar claramente los patrones funcionales de salud…
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En este trabajo determinan la comunidad de bacterias y hongos asociados a la raíz de Welwitschia mirabilis, una planta muy longeva (hasta 1500 años ) la cual habita en regiones hiper áridas y se consideran de importancia para los ecosistemas locales. Analizaron muestras de rizósfera de tres ejemplares y del suelo en el que estos…
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Se evaluó la actividad transcripcional de la arquea termoacidófila Metallosphaera sedula ante la exposición abrupta a concentraciones inhibitorias y no inhibitorias de cobalto, niquel, cobre, zinc y uranio; para ello se generó un microarreglo ad hoc que contenía sondas para todos los posibles marcos de lectura abiertos (ORFs) identificados en su genoma. Wheaton y compañia…
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En el presente trabajo de revisión se establece una analogía entre intestino y raíz (debido a su participación en la asimilación de nutrientes), para tratar de explicar las diferencias entre los microbiomas de ambos sistemas. Al reanalizar los datos de microbiomas (raíz, intestinos humanos, de mamíferos y de peces) obtenidos en estudios previos, encontraron claras…
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Fecha límite de entrega 23 de agosto 12:00 p.m. Loading…
https://drive.google.com/file/d/0B7dtIr9rg974QUFIeEI5YkpGbTg/view?usp=sharing Loading…
Éste trabajo se realizó con la finalidad de conocer la influencia que ejercen las plantas (Arabidopsis, Medicago, Brachypodium, Brassica, Pisum y Tricum) y el suelo en las comunidades microbianas de la rizósfera. Para ello se utilizó un inóculo de suelo original que se mezcló con dos sustratos estériles diferentes: uno de arena (pobre en nutrientes)…
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En este trabajo comparan las comunidades de bacterias de la rizósfera de plantas de diferentes especies dentro de un ambiente y en diferentes ambientes cómo el Desierto de Atacama, los Andes y la Antártica. El suelo de los sitios de estudio presenta una gran variación físico-química; estas dos condiciones permiten estudiar la influencia de ambos…
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En este artículo se evalúan las variaciones que ocurren en el perfil metabólico (respiración y actividad enzimática) y la composición de las comunidades bacterianas presentes en la rizósfera de maíz cultivado en tres tipos de suelos tratados con distintos fertilizantes; encontrándose que las comunidades bacterianas eran similares entre sitios y que las variaciones de las…
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Estimad@s alumnos: Por favor, completen el siguiente tutoral de Linux: http://ryanstutorials.net/linuxtutorial/ Este es una muy buena opción sobre el sistema que estamos utilizando: https://help.ubuntu.com/community/Beginners/BashScripting Los que ya tengan algún tipo de experiencia en Linux, pueden adelantar la lectura de Blast: https://www.dropbox.com/s/y5imiep2ksfyks4/Problem%20solving%20handbook%20in%20computational%20biology%20and%20bioinformatics.BLAST.pdf?dl=0 Loading…
Estimad@s estudiantes: En la primer sesión se tiene que instalar un sistema que tenga un shell. Pueden descargar la imagen para quemar un DVD o instalar el sistema en USB, se puede correr una sesión en vivo (sin tener que modificar nada de tú máquina) o instalar el sistema operativo en tú máquina del siguiente…
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Para entender mejor el efecto del genotipo del hospedero sobre las comunidades bacterianas asociadas a raíz, se utilizaron plantas de dos especies poco relacionadas: trigo y pepino, crecidas en el mismo tipo de suelo. Al utilizar la metagenómica y análisis de ordenamiento para estudiar muestras de suelo y de raíz, se encontró que las diferencias…
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Our new paper available as preprint: Cockatiel gut microbiomes http://ift.tt/29J6rq1 via @PeerJPreprints snapshot1.png
Se analizaron 40 muestras con características ambientales contrastantes de drenaje ácido de minas provenientes del sureste de China. Se describió la diversidad taxonómica a partir de la secuenciación de amplicones de 16S y se obtuvieron perfiles funcionales utilizando arreglos GeoChip 4.0. Los autores encontraron que el pH y la abundancia relativa de algunos linajes microbianos…
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Con la finalidad de estudiar como los factores ambientales afectan la vida de los oceános, el proyecto Tara Oceans, ha colectado muestras en los oceános alrededor del mundo. En éste estudio se secuenciaron los metagenomas de 243 muestras, en tres niveles: zona superficial, máxima profundidad de clorofila y zona mesopelágica. Se encontró que la composición…
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