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Para entender mejor el efecto del genotipo del hospedero sobre las comunidades bacterianas asociadas a raíz, se utilizaron plantas de dos especies poco relacionadas: trigo y pepino, crecidas en el mismo tipo de suelo. Al utilizar la metagenómica y análisis de ordenamiento para estudiar muestras de suelo y de raíz, se encontró que las diferencias…
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Se analizaron 40 muestras con características ambientales contrastantes de drenaje ácido de minas provenientes del sureste de China. Se describió la diversidad taxonómica a partir de la secuenciación de amplicones de 16S y se obtuvieron perfiles funcionales utilizando arreglos GeoChip 4.0. Los autores encontraron que el pH y la abundancia relativa de algunos linajes microbianos…
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Con la finalidad de estudiar como los factores ambientales afectan la vida de los oceános, el proyecto Tara Oceans, ha colectado muestras en los oceános alrededor del mundo. En éste estudio se secuenciaron los metagenomas de 243 muestras, en tres niveles: zona superficial, máxima profundidad de clorofila y zona mesopelágica. Se encontró que la composición…
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En éste trabajo, se analizaron las bases de datos disponibles de secuencias del gen 16S rRNA de diversas muestras: suelo, agua e intestino humano. Con ésta información, se identificaron las comunidades presentes en cada muestra, así como subcomunidades coocurrentes que se encuentran representadas en la mayoría de las muestras. Tras identificar las especies de cada…
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En este trabajo realizan una selección de microbiomas  a través de varias generaciones de plantas buscando generar microbiomas que tengan un efecto en la floración (floración prematura y retardada). Una vez que obtienen este microbioma analizan su composición y encuentran características particulares para cada uno. Al inocularlo en nuevas plantas siguen obteniendo el efecto en…
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Bruto y compañia analizaron la frecuencia de 23 genes relacionados con actividad promotora del crecimiento vegetal (PCV) como fijación de nitrógeno, producción de auxinas, solubilización de fosfatos, entre otros. Buscaron estos genes en genomas de Proteobacterias clasificadas con base en su contexto ecológico (bacterias endosimbiontes, saprofitas, fitopatógenas y patogenas de animales), el análisis incluyó 304…
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Biggs y Papin proponen un algoritmo para reconstruir genomas a partir de secuencias metagenómicas tomando como base un índice de conectividad metabólica. Este índice describe la conectividad de cierta reacción con respecto a una ruta metabólica (asiganada a un contig de cierto organismo) y se calcula para todas las rutas metabólicas disponibles para una reacción…
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Los hipólitos son comunidades microbianas que se encuentran debajo de algunas rocas  translúcidas en los desiertos.El análisis metagenómico de hipólitos del desierto de Namib,  revela que los organismos más abunadantes en éstos sistemas son Actinobacteria, Cyanobacteria y Proteobacteria. Estos Phyla comparten 83 módulos de funciones metabólicas, que podrían representar el núcleo de funciones que necesitan…
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Este artículo utiliza métodos libres de referencias para comparar distintos metagenomas. Nos sirve de inspiración para tratar de sacar otras métricas de comparación de genomas y metagenomas. 1. Kazakov, S. V, Ulyantsev, V. I., Dubinkina, V. B., Tyakht, A. V & Alexeev, D. G. MetaFast: fast reference-free graph-based comparison of shotgun metagenomic data Sergey. 3–6…
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