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Para la sesión de hoy no se garantizan los resultados si no se esta usando bio-linux, por los programas que hay que instalar y sus dependencias. Prerequisitos: fastx toolkit http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html velvet https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/ glimmer3 http://ccb.jhu.edu/software/glimmer/index.shtml Artemis https://www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/ (Que puede ejecutarse desde la web, en este link, se necesita Java: https://www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/java/artemis.jnlp ) Ensamblando y verificación de calidad…
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Por favor, observa los siguientes videos: Ahora, escribe un breve ensayo (máximo 1 cuartilla), en el que resumas que se hizo para generar a la bacteria sintética. Si necesitas información extra puedes revisar los siguientes vínculos: http://en.wikipedia.org/wiki/Mycoplasma_laboratorium La noticia en la revista Science: http://www.sciencemag.org/content/328/5981/958.full El artículo de investigación en Science: http://www.sciencemag.org/content/329/5987/52 Además de la cuartilla…
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Hay que leer este par de artículos para el martes: What is a hidden Markov model? Nature Biotechnology 22, 1315 – 1316 (2004) doi:10.1038/nbt1004-1315 http://www.nature.com/nbt/journal/v22/n10/pdf/nbt1004-1315.pdf A.L. Delcher, K.A. Bratke, E.C. Powers, and S.L. Salzberg. Identifying bacterial genes and endosymbiont DNA with Glimmer, Bioinformatics 23:6 (2007), 673-679. http://ccb.jhu.edu/papers/glimmer3.pdf

1. A partir del ejercicio anterior, en el archivo .ptt con la ayuda de grep identifica a todos los genes anotados como transportador ABC (ABC transporter). 2. Utilizando el comando seqret, de emboss encuentra la forma de hacer un archivo multifasta con todos los transportadores ABC del genoma predicho. Pistas, se utilizan las coordenadas de…
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1. Entra a la carpeta con nombre Bacillus subtilis 168 uid57675 en el sitio ftp siguiente: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/ 2. Descarga los archivos gbk ptt ffn frn fna desde la terminal con el comando wget, si necesitas ayuda sobre wget teclea: wget –help 3. Explora los archivos desde la terminal con cat, less / more, ¿Qué contienen…
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También vamos a revisar este capítulo de BLAST: https://copy.com/xoSiDblPv9R4 Además de leerlo, y en lugar de control de lectura hacer (o intentar) los ejercicios del final del capítulo: 1. Which of the following in the BLAST output provides an estimate of the false positive rate of the BLAST search: E-value, Score, or Identity? 2. What…
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Vean estos dos videos, complementando la información con lo que vimos en clase, de igual forma detalla omisiones, el primer ejemplo es tradicional (con múltiples omisiones) Luego revisen el segundo video y lo que hacia la gente antes de poder hacer animaciones (1971), estudiantes de licenciatura, en la época hippie: Como dato curioso de este…
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http://web.ecologia.unam.mx/laboratorios/genomica/bioinfo/intro.bioinfo.cap1.pdf

1. Field, D. et al. Open software for biologists: from famine to feast. Nat. Biotechnol. 24, 801–3 (2006). http://tinyurl.com/mwdh978  

  En base a lo que revisamos en clase y a lo que aparece en este capítulo http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK26887/ o en tu libro favorito de biología molecular por favor indica al menos 3 omisiones que hace el video.   Además haz una lista con los pasos, enzimas, moléculas necesarias para pasar de una secuencia de DNA…
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