Este trabajo se centra en la posibilidad de la restauración de ecosistemas perturbados por la actividad humana, particularmente tierras de cultivo, utilizando inóculos de suelo. Existen evidencias de la relación entre la comunidad residente en distintos suelos con el tipo de cobertura vegetal presente en ellos. Con base en ese conocimiento, los autores llevan a…
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Desde hace años se ha reportado asociaciones del microbioma intestinal y el cebrero, por ejemplo, su influencia en el estado de ánimo, en el autismo, en el control del apetito, etc. Sin embargo, el fuerte vinculo de la dieta como principal moldeador del microbioma humano ha permanecido como un factor de confusión. En este trabajo…
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En este artículo los autores proponen una técnica por extracción total de RNA para detectar y cuantificar miembros de una comunidad microbiana. A diferencia del uso de metagenomas, amplicones de 16S rRNA e ITS esta técnica promete identificar al mismo tiempo y de forma más eficiente bacterias y hongos que se encuentren en las muestras.…
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1. A partir de los resultados del ejercicio de agrupamiento en familias de proteínas de una de las especies de Agrobacterium (28 de agosto), reproduce la figura 9 del artículo de Pushker et al., 2004. Realiza la anotación con las base de datos de COG (https://drive.google.com/file/d/0B4yYJADlEqTndnBfV1Y3akI4QjQ/view?usp=sharing) utilizando como criterio de corte 30% de identidad y…
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Predicción de genes no codificantes: 1. Descarga el código fuente de tRNAScanSE: wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz , el artículo lo puedes consultar en: http://nar.oxfordjournals.org/content/25/5/0955.abstract?sid=c28dd9c3-943e-44d4-99fe-15ee8a5ac051 2. Descomprime el archivo 3. Entra al directorio de tRNAscan-SE 4. Ejecuta un ls -lh y guarda la salida a un archivo 5. Ejecuta el comando make 6. Ejecuta el comando make install…
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Modelos ocultos de Markov Consulta el manual de HMMEr: http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf Describe las funciones relacionadas a hmmer: hmmalign hmmconvert hmmlogo hmmscan hmmstat hmmbuild hmmemit hmmpgmd hmmsearch hmmc2 hmmfetch hmmpress hmmsim Genera un modelo oculto de markov con el alineamiento generado la semana pasada (ejercicio 3) en hmmer Cuando tengas el alineamiento y el modelo oculto de…
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Este nuevo marco de analisis de diversidad emplea los números de Hill como medidas de diversidad. Los números de Hill o número efectivo de especies son transformaciones de otras medidas de diversidad que permite trabajar con valores comparables entre muestras. En este protoloco se trabaja con 3 ordenes. Número de Hill de orden 0 (q=0)…
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En este estudio publicado en 2016 en Plos One, identifican 3 bacteriofagos promisorios para tratar a ciertas cepas patogénicas de E. coli. Los bacteriofagos son virus capaces de infectar a bacterias, multiplicarse en su interior y lisarla (virus míticos). Tienen la característica de ser altamente específicos en su infección incluso a nivel de variedades a…
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Un reportero de Science trata de hacer CRISPR, ya que alguien le había dicho que cualquier idiota podía. Los resultados dan risa. La nota completa El video:
Revisen este video donde Bonnie Bassler explica de forma sencilla la comunicación y coordinación entre bacterias, el quorum sensing
En esta era de metagenomas resulta común usar de argumento que las características fenotípicas, como la forma, en bacterias no nos lleva muy lejos debido a que se pueden tener falsos positivos de identificación de microorganismos. En el artículo que les propongo revisar esta semana mencionan ejemplos de esto: For example, the Betaproteobacteria Rhodocyclus tenuis…
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