El desarrollo de nuevas técnicas para el diagnóstico de enfermedades ha retomado importancia desde que se ha convertido un problema de salud pública la detección precisa y oportuna de microorganismos (generalmente bacterias) causantes de enfermedades, principalmente cuando se trata de enfermedades nosocomiales, aunado a que la cada vez más frecuente resistencia a antibióticos que presentan…
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En este estudio parten de la hipótesis de que las funciones metabólicas del ser humano están gobernadas por la periodicidad del ritmo circadiano y por lo tanto las comunidades bacterias deben responder a estas variaciones. Este estudio describe los cambios el microbioma salivar en humanos a nivel taxonómico y funcional a lo largo de 3…
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Los humanos que vivimos en la sociedad moderna, pasamos, en promedio, 90% de nuestro tiempo en espacios interiores, y varios estudios han identificado que en dichos interiores como escuelas, casas, oficinas y hospitales, coexisten comunidades de microorganismos (bacterias, hongos y virus) que van cambiando tanto en abundancia, como en composición. Gracias a los avances en…
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El arroz es un cultivo que se produce en condiciones de inundación. Por ello y por su importancia alimenticia, en éste trabajo lo utilizan para estudiar los cambios en las comunidades microbianas asociadas a raíz bajo condiciones estrés hídrico. Se emplearon amplicones del gen 16S rRNA para estudiar la microbiota de cuatro variedades de arroz…
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Este trabajo se centra en la posibilidad de la restauración de ecosistemas perturbados por la actividad humana, particularmente tierras de cultivo, utilizando inóculos de suelo. Existen evidencias de la relación entre la comunidad residente en distintos suelos con el tipo de cobertura vegetal presente en ellos. Con base en ese conocimiento, los autores llevan a…
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Desde hace años se ha reportado asociaciones del microbioma intestinal y el cebrero, por ejemplo, su influencia en el estado de ánimo, en el autismo, en el control del apetito, etc. Sin embargo, el fuerte vinculo de la dieta como principal moldeador del microbioma humano ha permanecido como un factor de confusión. En este trabajo…
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En este artículo los autores proponen una técnica por extracción total de RNA para detectar y cuantificar miembros de una comunidad microbiana. A diferencia del uso de metagenomas, amplicones de 16S rRNA e ITS esta técnica promete identificar al mismo tiempo y de forma más eficiente bacterias y hongos que se encuentren en las muestras.…
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1. A partir de los resultados del ejercicio de agrupamiento en familias de proteínas de una de las especies de Agrobacterium (28 de agosto), reproduce la figura 9 del artículo de Pushker et al., 2004. Realiza la anotación con las base de datos de COG (https://drive.google.com/file/d/0B4yYJADlEqTndnBfV1Y3akI4QjQ/view?usp=sharing) utilizando como criterio de corte 30% de identidad y…
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Predicción de genes no codificantes: 1. Descarga el código fuente de tRNAScanSE: wget http://lowelab.ucsc.edu/software/tRNAscan-SE.tar.gz , el artículo lo puedes consultar en: http://nar.oxfordjournals.org/content/25/5/0955.abstract?sid=c28dd9c3-943e-44d4-99fe-15ee8a5ac051 2. Descomprime el archivo 3. Entra al directorio de tRNAscan-SE 4. Ejecuta un ls -lh y guarda la salida a un archivo 5. Ejecuta el comando make 6. Ejecuta el comando make install…
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Modelos ocultos de Markov Consulta el manual de HMMEr: http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf Describe las funciones relacionadas a hmmer: hmmalign hmmconvert hmmlogo hmmscan hmmstat hmmbuild hmmemit hmmpgmd hmmsearch hmmc2 hmmfetch hmmpress hmmsim Genera un modelo oculto de markov con el alineamiento generado la semana pasada (ejercicio 3) en hmmer Cuando tengas el alineamiento y el modelo oculto de…
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Este nuevo marco de analisis de diversidad emplea los números de Hill como medidas de diversidad. Los números de Hill o número efectivo de especies son transformaciones de otras medidas de diversidad que permite trabajar con valores comparables entre muestras. En este protoloco se trabaja con 3 ordenes. Número de Hill de orden 0 (q=0)…
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En este estudio publicado en 2016 en Plos One, identifican 3 bacteriofagos promisorios para tratar a ciertas cepas patogénicas de E. coli. Los bacteriofagos son virus capaces de infectar a bacterias, multiplicarse en su interior y lisarla (virus míticos). Tienen la característica de ser altamente específicos en su infección incluso a nivel de variedades a…
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