Desde hace años se ha reportado asociaciones del microbioma intestinal y el cebrero, por ejemplo, su influencia en el estado de ánimo, en el autismo, en el control del apetito, etc. Sin embargo, el fuerte vinculo de la dieta como principal moldeador del microbioma humano ha permanecido como un factor de confusión. En este trabajo…
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El Sistema de Transporte Colectivo Metro de la Ciudad de México es uno de los subterráneos más grandes del mundo y que es utilizado por gran proporción de la población urbana. ¡Se estima que aproximadamente al día 4 millones de personas usan este medio de transporte! Y como sabemos, existen microorganismos que se encuentran asociados…
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Se cree que una baja disponibilidad de agua en la rizósfera puede evitar su colonización y el flujo de nutrientes. Además, los cambios fisiológicos que experimenta la planta pueden cambiar los patrones de exudado de fotosintatos. Estos fenómenos podrían estar modificando la composición del microbioma rizosférico en temporadas de secas y de lluvias. Por lo…
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Hace tiempo que me gustaría tener uno de estos aparatejos. En la carrera de secuenciación masiva de DNA la secuenciación mediante nanoporos ha sido un anhelo, comenzó casi como mito y anunciado con mucha premura, luego lo hicieron disponible a centros de secuenciación establecidos y ahora está a la venta libre. Los nanoporos son una…
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Conocemos que diferentes propiedades edáficas del suelo, como el pH o el contenido y disponibilidad de nutrientes son responsables de los patrones de diversidad taxonómica en sus comunidades bacterianas. Los autores de este trabajo evalúan el impacto de distintos factores edáficos en la diversidad metabólica de las comunidades bacterianas de suelos sobre un gradiente de…
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En este artículo los autores proponen una técnica por extracción total de RNA para detectar y cuantificar miembros de una comunidad microbiana. A diferencia del uso de metagenomas, amplicones de 16S rRNA e ITS esta técnica promete identificar al mismo tiempo y de forma más eficiente bacterias y hongos que se encuentren en las muestras.…
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Con la finalidad de conocer las implicaciones ecológicas y evolutivas del microbioma de las plantas, se estudiaron 30 especies pertenecientes a seis familias del grupo de las angiospermas. La caracterización se realizó por medio del gen 16S del RNA ribosomal a nivel de endósfera y rizósfera. Estos análisis permitieron determinar que la similitud de las…
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En este artículo de Boller y He de 2009 en Science, los autores hacen una revisión de los mecanismos por los cuales las plantas activan sus mecanismos de defensa frente a patógenos microbianos; estos mecanismos de defensa de las plantas se conocen colectivamente como el sistema inmune innato, el cual detecta y neutraliza a microbios…
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En este articulo que les comparto buscan explicar la utilidad de los indices de diversidad y la mejor manera de realizar los análisis entre los grupos que estemos comparando. La idea es lograr identificar el tipo de análisis que requieren tus datos según el diseño de tu estudio (Ej. temporal o transversal). Para elegir la…
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Hola, esta es mi primera entrada en el Journal Club. Y elegí este artículo porque me pareció muy interesante que a estos científicos de Alemania les interesara investigar a los microorganismos presentes en las esponjas que utilizamos en la cocina para lavar nuestros trastes. La justificación es que, en espacios interiores, en este caso las…
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El objetivo principal de este estudio fue revelar patrones en las comunidades microbianas de los suelos. Para esto utilizaron 1998 muestras, provenientes de 30 estudios diferentes, con sus respectivas secuencias del gen 16s RNAr. Utilizando una maquina de aprendizaje que es capaz de contabilizar interacciones complejas entre los taxa, midieron la forma en que taxones…
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A través de éste estudio experimental, se prueba la influencia del estrés hídrico en el establecimiento de comunidades bacterianas de suelo, rizósfera y endósfera. Se utilizaron muestras de 18 especies de pastos (9 de metabolismo C3 y 9 de metabolismo C4), que fueron tratados como controles (sometidos a condiciones de riego normal) o expuestas a…
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En este trabajo se evaluó el potencial de movilidad en suelo de un consorcio bacteriano compuesto por cepas de los géneros Burkholderia, Dyella, Paenibacillus, Pseudomonas, Janthinobacterium y Collimonas en respuesta a compuestos orgánicos volátiles (VOCs) producidos por las raíces de Carex arenaria en presencia y ausencia del patógeno Fusarium culmorum. Los autores desarrollan un sistema…
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PREPARADOs es otro acrónimo que se agrega a la lista (interminable de acrónimos). Es el nombre corto de plant-resembling plant-associated and root-associated domains (dominios relacionados y asociados a plantas y raíces). El acrónimo me recuerda a una cerveza malísima, en Europa dicen que es mexicana: DESPERADOS El artículo está bueno, no como la cerveza.…
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Nuestra nueva publicación en bioRXiv, que es un preprint server. El trabajo se encuentra sometido a revisión por pares en este momento. Marchantia liverworts as a proxy to plants basal microbiomes. Luis David Alcaraz, Mariana Peimbert, Ana E. Dorantes-Acosta, John L. Bowman, Mario A. Arteaga-Vazquez bioRxiv 103861; doi: https://doi.org/10.1101/1038613 http://biorxiv.org/content/early/2017/01/28/103861
