En este estudio comparan el viroma y el microbioma de 10 personas con infección urinaria y 10 sanas. Para esto purificaron la fracción de virus en 1ml de orina y posteriormente los secuenciaron en un chips de 314 puestos en Ion Torrent. Se filtran las secuencias de bacterias y humanas de las de viruses. Para…
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En este trabajo, Epelde y compañía obtuvieron los metatranscriptomas de suelo de tres sitios (concentración baja, media y alta de metales pesados, respectivamente) en una mina abandonada de plomo y zinc en el norte de España. Esta técnica permite observar tanto el rRNA como el mRNA de una muestra en un momento determinado, lo cual…
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Los métodos de secuenciación de nueva generación (NGS) han permitido el estudio de las comunidades microbianas a nivel molecular. En ocasiones los investigadores requieren saber el número de copias de cierta secuencia en la muestra. Para ello se han empleado métodos cuantitativos basados en PCR (qPCR y dPCR). Sin embargo el número de secuencias obtenidas…
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En este artículo caracterizan el microbioma de una planta halotolerante Suaeda salsa y analizan su microbioma tanto por secuenciación del gen 16S rRNA, como de ITS para hongos. Se explora la hipótesis de que hay un microbioma seleccionado por parte de la planta en la condición de alta salinidad. En este artículo toman algunos de los…
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En general, el microbioma vaginal de las mujeres sanas está dominado por Lactobacillus sp. Se ha reportado que la presencia de Lactobacillus crispatus disminuye 5 veces la probabilidad de presentar vaginosis bacteriana (BV), un estado de alta diversidad bacteriana con sintomatología. Este estudio busca identificar las cepas de Lactobacillus crispatus presentes en las mujeres sanas…
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S. aureus es una bacteria comensal en el humano que puede ser un factor de riesgo en infecciones invasivas en hospitales; la nariz es el microhábitat preferido de esta bacteria. Aunque se ha observado que la microbiota de la nariz es similar al de la piel, la mayoría de los estudios existentes sobre la microbiota…
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El presente trabajo busca analizar el efecto que tiene la inoculación del suelo en el establecimiento de las comunidades vegetales durante el proceso de sucesión ecológica. Para realizar el estudio, se utilizó un campo de cultivo de más de 60 años de antigüedad, que se dividió en parcelas a las que se les arrancó la…
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Este trabajo tuvo por objetivo estudiar la interacción mutualista entre dos levaduras en un sistema sintrófico donde cada cepa suplementaba un aminoácido esencial a la otra. Se realizaron monocultivos y co-cultivos de las cepas las cuales se marcaron con RFP (Leu-) y YFP (Trp-). Después de 24 horas de crecimiento se realizaba una dilución 1/10,…
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Entre las prácticas de fertilización de campos de cultivo más comunes se encuentra la adición de fertilizantes de origen animal y vegetal que son una fuente de microorganismos benéficos o patógenos en el microbioma de las plantas. En este trabajo se analiza la influencia que distintos fertilizantes, orgánicos y sintéticos tienen en el microbioma de…
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Bacillus pumilus, una especie que forma endosporas, ocurre naturalmente en los sistemas de raices de plantas de importancia comercial. Sorprendentemente, sus esporas presentan altas tasas de sobrevivencia al ser expuestas a condiciones espaciales en la Estación Espacial Internacional. Por su resistencia a la desecación y radiación B. pumilus SAFR-032 se ha clasificado como un organismo…
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Se sabe que el proceso de descomposición de un cuerpo está mediado por microorganismos, sin embargo, se desconoce sobre los grupos taxonómicos y la influencia de sus funciones en los ciclos de nutrientes (C,N). Metcalf y colaboradores, caracterizaron la comunidad microbiana en cádavares de ratones y humanos en descomposición, así como en diferentes tipos de…
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En el artículo de mis amigos Alejandro Manzano y Amparo Latorre se presenta un análisis genómico del proceso de erosión genómica al que se ven sometidas las bacterias que se vuelven simbiontes obligados, de tal manera que se pierden las funciones redundantes y no esenciales de los genes codificados en sus genomas. Es un buen…
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En esta entrega del experimento de evolución a largo plazo, se reportan las tendencias de genómica evolutiva de 12 poblaciones de Escherichia coli creciendo en un medio homogéneo. Los autores investigaron qué fracción de mutaciones nuevas presentes en un linaje son benéficas, para ello secuenciaron el genoma de dos clonas de todas las poblaciones cada…
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El objetivo de este trabajo fue probar si las plantas modulan sus exudados en presencia de un patógeno y si este cambio altera la composición del microbioma de rizósfera. Para esto inoculan el patógeno Ralstonia solanaceum en plantas de tomate, colectan los exudados de las raíces y los inoculan en suelo. También analizan la composición…
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En este trabajo se comparó la actividad de fijación de nitrógeno y solubilización de fósforo generada en rizósferas de trigo inoculado desde semilla con distintas combinaciones de inóculos a lo largo de 24 semanas. Se utilizaron cepas diazótrofas (Mesorhizobium, Azotobacter) y solubilizadoras de fósforo (Pseudomonas, Serratia) y Anabaena como la cepa formadora de biopelícula. Se…
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