Autor: Hugo Barajas

Caulobacter, un género poco explorado en ambientes terrestres

El género Caulobacter ha sido históricamente aislado de ambientes acuáticos y por ende descrito como un microorganismo con un estilo de vida oligotrófico. En este trabajo, Willhelm realiza un meta análisis de estudios donde se caracterizan microbiomas por medio de bibliotecas de amplicones del gen rRNA 16S y también metagenomas completos. El objetivo del estudio…
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Cambios en la estructura y dinámica de comunidades microbianas bajo invasión (Cuando llega tu primo, el arrimado)

Una pregunta frecuente en la ecología microbiana es, ¿qué tan efectiva puede ser la colonización de un nuevo nicho por una especie invasora? En este trabajo Mallon y colaboradores evalúan los efectos que un microorganismo invasor puede llegar a tener tanto en la composición y diversidad de una comunidad microbiana como en la forma de…
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El papel del ritmo circadiano en la estructura del microbioma de rizósfera.

La presencia de plantas en el suelo modifica la estructura de sus comunidades microbianas mediante los exudados de raíz, los cuales son regulados, en parte, por el ritmo circadiano de la planta. Esto llevó a Hubbard y colaboradores a  probar el papel del ritmo circadiano de sobre la estructuración de comunidades de rizósfera usando la…
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El microbioma de un pasto invasor

En este trabajo los autores analizan el microbioma de rizósfera y endósferas de raíz y hoja de Senecio vulgaris, un pasto considerado como una especie invasora en China. La distribución y el muestreo de las plantas fue desde los 1200 hasta los 1800 m.s.n.m. y en una distancia máxima de 100 km entre los sitios.…
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El papel de los exudados de raíz y la preferencia microbiana de substratos en la estructuración del microbioma de rizósfera.

Actualmente se reconoce que existe una relación entre la etapa de desarrollo de una planta y la estructura del microbioma de raíz, lo cual va de la mano con los exudados de raíz que sirven como fuentes de carbono para los microorganismos y que cambian en composición a lo largo de estas etapas. En este…
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Sobre nuestras limitaciones para describir la diversidad bacteriana

 Existe una gran inquietud por lograr describir por completo la diversidad bacteriana. Para ello, una amplia gama de características fenotípicas y moleculares han sido utilizadas para clasificarlas dentro de distintas especies, entre ellas, la identidad entre secuencias del gen de rRNA 16S ha sido ampliamente adoptado para definir este concepto. En este trabajo, los autores…
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Disección y diseño de comunidades bacterianas con influencia en el fenotipo de plantas.

La mayor parte de los ensayos de interacción planta-bacteria son considerados reduccionistas debido a que los experimentos realizados son en cultivos in vitro y utilizando sólamente a una aislado bacteriano, probando diferentes respuestas por parte de las plantas. En este trabajo Herrera Paredes y colaboradores llevan a cabo un esfuerzo para disectar las relaciones entre…
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Los efectos del tipo de suelo, genotipo y estado de desarrollo en el microbioma de raíz de algodón.

En este trabajo se exploran las diferencias de la diversidad de comunidades bacterianas de raíces de dos genotipos de algodón cultivadas en dos suelos, uno rico en nutrientes y otro pobre, el cual ha sido usado para el monocultivo de la especie. Además prueban el efecto del estado de desarrollo de la planta, desde plántula…
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Búsqueda de diversidad genómica en distintos linajes de poblaciones bacterianas

En un intento de romper las barreras y limitaciones de las comparaciones entre secuencias del gen rRNA 16S para definir unidades taxonómicas ecológicamente relevantes, McMahon y colaboradores investigan los patrones de heterogeneidad genómica a nivel de poblaciones bacterianas en metagenomas de lagos a lo largo de 5 años, utilizando 33 genomas correspondientes a dos linajes…
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Manejo de ecosistemas por inoculación con suelo

Este trabajo se centra en la posibilidad de la restauración de ecosistemas perturbados por la actividad humana, particularmente tierras de cultivo, utilizando inóculos de suelo. Existen evidencias de la relación entre la comunidad residente en distintos suelos con el tipo de cobertura vegetal presente en ellos. Con base en ese conocimiento, los autores llevan a…
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Indicadores metabólicos de comunidades bacterianas en suelos ácidos y alcalinos

Conocemos que diferentes propiedades edáficas del suelo, como el pH o el contenido y disponibilidad de nutrientes son responsables de los patrones de diversidad taxonómica en sus comunidades bacterianas. Los autores de este trabajo evalúan el impacto de distintos factores edáficos en la diversidad metabólica de las comunidades bacterianas de suelos sobre un gradiente de…
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Llamadas de larga distancia. ¡Planta llamando a bacteria, planta llamando a bacteria!

En este trabajo se evaluó el potencial de movilidad en suelo de un consorcio bacteriano compuesto por cepas de los géneros Burkholderia, Dyella, Paenibacillus, Pseudomonas, Janthinobacterium y Collimonas en respuesta a compuestos orgánicos volátiles (VOCs) producidos por las raíces de Carex arenaria en presencia y ausencia del patógeno Fusarium culmorum. Los autores desarrollan un sistema…
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Bioinformática 6 de Noviembre. Amplicones

Las herramientas y programas listados a continuación serán utilizadas para resolver los ejercicios: pandaseq fastqc fastx_trimmer qiime: assign_taxonomy.py, make_otu_table.py, biom convert R phyloseq: plot_bar, plot_ordination Documentación: http://qiime.org/scripts/index.html https://joey711.github.io/phyloseq/tutorials-index.html Ejercicios. Descarga los archivos que utilizaremos para esta sesión: https://drive.google.com/drive/folders/0B4yYJADlEqTnQW9kckpvbGlrYms?usp=sharing 1. Utilizando la herramienta fastx_trimmer recorta las lecturas crudas de amplicones (R1_sub_pe.fastq y R2_sub_pe.fastq) para que tengan…
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Bioinformática 9 de octubre. Anotación

1. A partir de los resultados del ejercicio de agrupamiento en familias de proteínas de una de las especies de Agrobacterium (28 de agosto), reproduce la figura 9 del artículo de Pushker et al., 2004. Realiza la anotación con las base de datos de COG (https://drive.google.com/file/d/0B4yYJADlEqTndnBfV1Y3akI4QjQ/view?usp=sharing) utilizando como criterio de corte 30% de identidad y…
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Bioinformática. Ejercicio 28 Agosto

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