El conocimiento que tenemos de las proteínas bacterianas provienen de un conjunto reducido de especias bacterianas del cual sobresalen Bacillus subtilis y Escherichia coli. Con la caída en los costos de secuenciación el número de genomas bacterianos disponibles en bases de datos ha crecido de manera abrupta y gran parte de la información que se…
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Los plásmidos son cromosomas accesorios del genoma bacteriano que pueden ser determinantes en el fenotipo bacteriano y ser transferidos horizontalmente. Estas transferencias de plásmidos ocurren primordialmente durante la conjugación bacteriana, en donde una bacteria forma un pili y transfiere información genética a otra bacteria compatible. Aunque este mecanismo de transferencia horizontal de genes (HGT, por…
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El análsis de comunidades microbianas por secuenciación masiva ya sea por amplificación del gen de rRNA 16S o por secuenciación de metagenoma total implica muchas veces buscar genes o taxa con abundancia diferencial bajo ciertas condiciones. Estas comparaciones frecuentemente se hacen usando herramientas diseñadas para analizar datos de conteos como transcriptomas obtenidos por RNAseq. Recientemente…
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Gran parte de los organismos que componen una comunidad microbiana se encuentran en baja abundancia. En la mayoría de los análisis por secuenciación metagenómica, los fragmentos genómicos que se logran armar pertenecen a los organismos dominantes, mientras que las secuencias de los organismos de baja abundancia son escasas. Una forma de recuperar contigs de estos…
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Se les llama factores de cambio global (GCFs) a una serie de repercusiones de las actividades humanas en el medio ambiente como el enriquecimiento del dióxido de carbono atmosférico (eCO2), la deposición del nitrógeno atmosférico (N) y el cambio de uso de suelo (LUC), entre otros. Gracias a un gran número de estudios, se sabe…
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El abaratamiento de los costos de secuenciación y el desarrollo de la genómica funcional ha permitido tener un inventario de las posibles funciones que tienen codificadas los organismos en sus genomas. Gran parte de estas funciones son levadas a cabo por proteínas y aunque se puedan predecir a partir de la secuencia genómica, eso no…
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Uno de los conceptos de bacteria más usados en microbiología es el de un grupo de individuos que conforman un agrupamiento genético consistente. Además, se sabe que bacterias de la misma especie pueden presentar diferencias genéticas que pueden modificar sus interacciones bióticas y abióticas. En la microbiología clásica, una definición operativa para esta diversidad intraespecífica…
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Las interacciones entre los miembros de una comunidad microbiana pueden tener repercusiones en el desempeño del organismo hospedero y es por esto que los estudios de series de tiempo de la composición del microbioma son un área de estudio que ha ido creciendo en las últimas dos décadas. Una limitación importante para la aplicación de…
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En este trabajo, se reportan los avances en la nueva versión de PhyloPhlAn, con la cual es posible comparar genomas estrechamente emparentados o bien miles de genomas de phyla distintos de forma eficiente. Esto se logra gracias a la incorporación de información como los 87,173 genomas de referencia y los 154,723 genomas ensamblados a partir…
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Los jales mineros abandonados representan un sustrato considerado tóxico ya que contienen contaminantes como arsénico o sales ricas en metales pesados. A pesar de esto, se ha observado que algunas plantas son capaces de crecer en estos ambientes, lo cual representa un caso de sucesión primaria. Estas plantas mejoran la estructura del suelo y su…
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La base de datos de taxonomía genómica (GTDB, por sus siglas en inglés) es un esfuerzo de clasificación taxonómica para más de 150,000 organismos de los dominios Bacteria y Archaea (incluyendo genomas de oganismos no cultivables ensamblados a partir de secuencias metagenómicas). Este sistema se basa en las relaciones filogenéticas de las secuencias genómicas de…
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El cambio climático está afectando el estilo de vida de muchas especies, lo cual puede generar un efecto dominó ya que las que sirven de alimento podrían ver afectada su distribución o producción de biomasa. En este trabajo, Guolang Li y compañía decidieron investigar el efecto del cambio en precipitación en la composición de los…
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Los operones son grupos de genes bacterianos aledaños que se co-transcriben y cuyos productos están involucrados en un mismo proceso biológico. En la actualidad se conocen varios de estos operones involucrados en la formación de biopelículas (biofilms), que son andamios de exopolisacáridos que protegen a las comunidades de bacterias frente a ciertas condiciones adversas como…
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Los metales pesados como el Cd, As, Cr y Pb son considerados tóxicos para los seres vivos, incluso en bajas concentraciones y la contaminación por estos es difícil de manejar ya que son persistentes al contrario de otras moléculas que pueden ser degradadas. En este estudio, se investigaron las interacciones de microorganismos por medio de…
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Una pregunta recurrente dentro del análisis de comunidades es que si las especies colonizadoras más abundantes (fundadoras) tienen un efecto en el reclutamiento y selección de organismos inmigrantes. Asimismo, no está claro si esta alta abundancia de organismos fundadores asegura su permanencia o si estos organismos son reemplazados cuando la comunidad madura y se establecen…
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